一晃十年过去，地球人和虫族的战争如火如荼，愈演愈烈。某日，空军元帅奥玛•阿诺克（斯蒂芬•霍根 Stephen Hogan 饰）来地球人的远方农场罗库山视察，时任上校的强尼•瑞克（加斯帕•范•迪恩 Casper Van Dien 饰）也一同前来。在此期间，阿诺克的心智被虫王操控，他切断了隔离区的电力，使基地完全失去保护。是夜，虫族对隔离区发动总攻，地球军虽顽强抵抗，终因寡不敌众而告败，基地陷落。阿诺克则和一干心腹逃离，飞船迫降在OM-1行星。 瑞克因失职被军事法庭判处绞刑，行刑之际被政府秘密部门救下。阿
十年前，人类为自己的愚蠢付出惨痛代价，凶险致命的猿流感病毒蔓延全球，世界毁灭殆尽。而在毗邻旧金山的原始丛林，凯撒（安迪·瑟金斯 Andy Serkis 饰）带领猩猩伙伴们建立起无忧无虑的王国，直到某一天，猩猩的家园的宁静再度被人类打破。在旧城苟延残喘的人类面临能源危机，他们试图利用森林腹地大坝的发电站提供能源。青年科学家马尔科姆（杰森·克拉科 Jason Clarke 饰）试图说服聚集地负责人德里弗斯（加里·奥德曼 Gary Oldman 饰），希望通过和平手段取得猩猩部落的信任和同意。然而凯撒的好盟友科
究竟是什么塑造了真正的你？电影将聚焦乔伊·高纳。这位中学音乐老师获得了梦寐以求的机会——在纽约最好的爵士俱乐部演奏。但一个小失误把他从纽约的街道带到了一个奇幻的地方“生之来处”（the Great Before）。在那里，灵魂们获得培训，在前往地球之前将获得他们的个性特点和兴趣。决心要回到地球生活的乔伊认识了一个早熟的灵魂“二十二”，二十二一直找不到自己对于人类生活的兴趣。随着乔伊不断试图向二十二展示生命的精彩之处，他也将领悟一些人生终极问题的答案。
