1943年10月，美国海军在费城进行了一次人工强磁场的机密试验，即着名的费城实验（The Philadelphia Experiment），实验成功地将一艘驱逐舰及全体船员投入另一空间。在实验过程中，实验人员啟动脉衝和非脉衝器，使船只周围形成了一个巨大的磁场。随后整条船被一团绿光笼罩着，船只和船员也开始从人们的视线中消失。实验终止时，舰船已被移送到了479公里以外的诺福克（Norfolk）码头。此后，一些船员身上仍留有实验的反应，不论在家里，在街上，在酒吧间或饭店里，都会突然地消失又重现，让旁观者惊讶不已
五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的
在虫族突袭布宜诺斯艾利斯之后，联邦军队发动反攻，在坦戈约里击溃虫族，并在P行星虏获虫族首领。在此之后，联邦军队乘胜追击，派大军杀向虫族隔离区。残酷的战斗没有止境，机动部队第6战队遭到虫族围攻，苦盼救援部队不得，眼看灭亡在即。关键时刻，第6战队首领夏普德将军（埃德·劳特 饰）与几名士兵吸引虫族，命令霍顿（Jason-Shane Scott 饰）、珊蒂余下的战士前往最近的祖鲁角哨站避难。此前，该哨站已经废止，所有人员全部死亡，只有一名中尉幸存。在这个隔绝之地，战士们进行最后的抵抗……
