曾为清廷第一猛将苏灿（赵文卓 饰）抛弃大好前程回到家乡，本想自此钻研武学，开宗立代，和妻子袁英（周迅 饰）还有儿子从此不再分离，尽享天伦。不料因为上代恩怨，义兄袁烈（安志杰 饰）练就魔功，杀死苏父，并掳走苏灿妻儿。河滨一战，苏灿败北，性命攸关之际，妻子舍身相救，后又得遇隐居山野尝遍百草的高人于大姐（杨紫琼 饰）救助，两人得以保全性命。苏灿因右臂筋脉断裂而灰心丧气，终日醉酒逃避现实，在妻子的精心照料与鼓励之下，苏灿最终重新振作。苏灿与袁烈再次交手，一雪前耻，但因意气用事却未能及时救出被袁烈埋入地下的袁英。妻
少年黄飞鸿（释小龙饰）自小聪颖正直，常和恶势力斗得头破血流。但作为一个孩子，他也有顽皮捣蛋的一面，每每闯了祸其母亲吴娴就帮他脱困，与黄飞鸿更似一对朋友，而黄飞鸿的父亲黄麒英（何中华饰）则严肃古板得多。某日，黄麒英十三表叔的女儿十三姨（郝蕾饰）从英国回来，寄居在黄麒英家里，受过西方教育的她热情奔放观念先进，很快融入黄家，唯独黄麒英对其过于新派的作风不以为意。谁知飞来横祸，吴娴葬身火海，黄家遭此突变，众人都难以接受。丧妻不久的黄麒英更是卷入一场杀人案，被疑为凶手。解救父亲并查明母亲被害事件的重任只得交由黄飞鸿
宋末年间蒙古人欲统治中原，派出武功高强将军到少林寺以作窥探少林寺是否反之势力，事后得方丈证实不参与政事而离开。及后有一青年为偷元军师印而伤，逃到少林寺中逃避追杀事后元军得识大举追杀，那少年亦剃发出
一心想去广州闯荡的少年黄飞鸿，无奈被迫去上学后，通过周十三和陆一白的帮助，最终拿到了去广州考试并有可能留洋的资格。去到广州后，却发现了海公公为首的朝廷保守派对此番赴广州的考试的阴谋，他们决意阻挠洋务派的留洋行动，最终黄飞鸿以一人之力与海公公抗衡，挽救大局，得以让留洋行动正常进行。
清光绪年间，广东佛山宝芝林，家传武学名扬天下，传到黄飞鸿一代，更是发扬光大。当时，朝庭腐败无能，全国上下动荡不安，与黄飞鸿同获一榜两魁武状元的齐天赐，受钦命赴广州铲除乱党，他与黄飞鸿惺惺相惜，却又不得不受义父齐公公之命刺杀黄父黄麒英，然而又因看到黄麒英供奉的楚芙蓉的灵牌而手下留情。刚从法国留学归来的袁婷婷，乃广州首富袁仲浦之女，她娇纵任性，却又善良热情。她不满父亲唯利是图的所作所为，积极资助革命党的行动，却为众人惹下一身麻烦，她拒绝齐天赐的一往深情，深深地爱着黄飞鸿，而黄飞鸿却碍于道义礼教，痛苦地徘徊于她
年轻漫画家费英雄，受到老板张鹏的打压，郁郁不得志。而他与张鹏却同时暗恋着公司女同事保儿。机缘巧合之下，他正在执笔的新漫画《功夫联盟》中的四大武学宗师——黄师傅、霍大侠、陈阿真以及叶姓神秘人受到费英雄的召唤穿越时空来到了现代。经历诸多磨难和命悬一线的对抗后，宗师们终于帮助英雄完成了梦想，而他们也都回到了属于自己的时代。
电影讲述了1882年的广东，时局动荡，内忧外患。在广州，湖广商会为了争夺与英商布朗的合作权办了一场擂台赛。梁宽来到擂台替师弟出头，谁知这竟然是英商布朗的阴谋，狂化了的鬼脚七像猛兽一般竟要置梁宽于死地。这时黄飞鸿及时出现救下梁宽，谜底则一点点揭开，英国人来到中国的目的居然是为了制造“战争机器”。而飞鸿一等人这时才刚刚察觉到，这一切的幕后主使另有其人。
