黄飞鸿是岭南武术界的一代宗师，也是一位济世为怀、救死扶伤的名医，他的一生充满了传奇。早年他在台湾浴血奋战，与刘永福领导的黑旗军和台湾当地的赛德克族勇士共同抗击侵略的日军，成为了保家卫国的盖世英雄。回到广州，开设“宝芝林”，却走上一条行医不授武的修心之路。然而，永无止息的江湖争斗还是将他逼到了不得不出手的生死绝境，却也让他登顶武者之王。他被冠上了侠者光环，受人敬仰；可是刺杀贪官的黑暗英雄“铁马骝”竟在此时重现江湖。代表光明和黑暗的两位英雄之间必有一战。然而，在这场英雄理念之争的背后竟还隐藏着一连串的惊天阴谋
清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨，后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。
清朝末年，林世荣来到广州，成为一名屠夫，外号“猪肉荣”。一次，林世荣因抗拒阿太前来猪肉摊收保护费，与阿太成了不打不相识的朋友，并得知阿太正在悄悄拉帮结派，为的是对付几个明里开武馆、暗里收集情报的日本人。林世荣与阿太联手，经一番恶战，终将日本人的阴谋粉粹，阿太为此牺牲，林世荣决定拜黄飞鸿为师，练好功夫，为保护百姓出力。
黄飞鸿夺得狮王争霸金牌后飘然而去，一时间广东会馆高朋云集纷纷做贺，八旗将军府副都统阿兰成都大人登门拜访，原来八国联军欲使用各自的巨型赛狮挑战清廷，为维护国体，黄飞鸿决定出战与阿兰将军共赴国难。梁宽再度惹下事端被黄飞鸿驱逐，无奈只得与鬼脚七等找到在北京办报的十四姨求助，黄飞鸿亦赶到报馆，却与十四姨卷入了红灯照在租界内屠杀洋人的事端，黄飞鸿出手救人，与红灯照大师姐苗三娘一同被德国兵士关押拷打。越狱而出的黄飞鸿从红灯照手中救出了众亲人，然而却因此错过了赛狮，阿兰成都将军孤身战死。黄飞鸿为国为友，满腔豪情二次挑战
黄飞鸿禀父命和从未谋面的方芷桦定了婚。方偷探黄真面目却错把“猪头荣”当成了未婚夫，吓得逃往香港避婚。碰巧黄也前往香港开办“宝芝林”分馆。方无意中发现了周继祖谋夺周炳家产，下毒周继荣的秘密，被人追杀，黄救下了方，两人互生爱意。同时，武田静香用她的清秀温婉打动了黄。因周继祖陷害，黄失忆了。方将黄救到了一座孤岛，默默照顾他。黄恢复记忆后，却把荒岛的事情忘记了，投入了静香的怀抱。方痛心离去。周继祖绑架了静香，要挟黄，为了救黄，方不顾自己性命，终于唤醒了黄的所有记忆。黄战胜了周继祖，也战胜了自己，静香默默祝福二人，
曾为清廷第一猛将苏灿（赵文卓 饰）抛弃大好前程回到家乡，本想自此钻研武学，开宗立代，和妻子袁英（周迅 饰）还有儿子从此不再分离，尽享天伦。不料因为上代恩怨，义兄袁烈（安志杰 饰）练就魔功，杀死苏父，并掳走苏灿妻儿。河滨一战，苏灿败北，性命攸关之际，妻子舍身相救，后又得遇隐居山野尝遍百草的高人于大姐（杨紫琼 饰）救助，两人得以保全性命。苏灿因右臂筋脉断裂而灰心丧气，终日醉酒逃避现实，在妻子的精心照料与鼓励之下，苏灿最终重新振作。苏灿与袁烈再次交手，一雪前耻，但因意气用事却未能及时救出被袁烈埋入地下的袁英。妻
少年黄飞鸿（释小龙饰）自小聪颖正直，常和恶势力斗得头破血流。但作为一个孩子，他也有顽皮捣蛋的一面，每每闯了祸其母亲吴娴就帮他脱困，与黄飞鸿更似一对朋友，而黄飞鸿的父亲黄麒英（何中华饰）则严肃古板得多。某日，黄麒英十三表叔的女儿十三姨（郝蕾饰）从英国回来，寄居在黄麒英家里，受过西方教育的她热情奔放观念先进，很快融入黄家，唯独黄麒英对其过于新派的作风不以为意。谁知飞来横祸，吴娴葬身火海，黄家遭此突变，众人都难以接受。丧妻不久的黄麒英更是卷入一场杀人案，被疑为凶手。解救父亲并查明母亲被害事件的重任只得交由黄飞鸿
一心想去广州闯荡的少年黄飞鸿，无奈被迫去上学后，通过周十三和陆一白的帮助，最终拿到了去广州考试并有可能留洋的资格。去到广州后，却发现了海公公为首的朝廷保守派对此番赴广州的考试的阴谋，他们决意阻挠洋务派的留洋行动，最终黄飞鸿以一人之力与海公公抗衡，挽救大局，得以让留洋行动正常进行。
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