故事从97年《最终幻想VII》结局两年之后开始，当人们以为世界已经和平之时，所谓的“星痕症候群”的病却开始四处蔓延，世界再度面临危机。同时曾经为拯救世界而战的英雄克劳德却与世隔绝孤独的生活着…… 剧情叙述主角们打倒赛菲罗斯（Sephiroth），拯救星球免于巨大陨石的侵袭后两年，神秘的怪病「星痕症候群」在各地陆续传出病例。而主角克劳德（Cloud）在与爱莉斯（Aerith）死别后，便郁郁寡欢。某日突然出现了与赛菲罗斯有未知关联的神秘3人组，除了直接对克劳德造成威胁之外，还进行着一连串秘密的计划，将已回归各
《神奇宝贝超世代》（Pokémon Advanced Generation）共分为芳缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，《神奇宝贝超世代》和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得优胜缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。 这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历
天地混乱的时代，人类与妖怪共同和平地居住在这片大地上，这个地方，就叫作"桃源乡"，是文明与信仰的发源地。现在，这个世界正在发生可怕的异变，妖怪们因为牛魔王复活试验产生出的负面波动而狂暴起来，向人类发动袭击。桃源乡面临着重大的危机。于是，玄奘三藏受命与孙悟空、猪八戒、沙悟净三人一起前往天竺国，去阻止这个试验，将妖怪的善良本性唤回，解救桃源乡的人们。
将被称为“精灵”的生命体，当成理所当然的存在的虚构世界— Polyphonica（中译：波利佛尼卡），和我们地球的真实世界有着平行世界般的关连。因此，也有真实世界历史上实际存在过的人（例如：但丁、贝多芬）出现在波利佛尼卡大陆上。波利佛尼卡大陆的科学等级，大致介于地球的现代与近未来之间。跟地球科技产物类似的物品，也大多都存在着。另外，也有着被称为未来都市一般的存在。而借由演奏“神曲”来借用精灵力量的技术体系，则与一般科技并行发展着。这个世界其实还隐藏着某项重大的秘密，而精灵们则一直等待着人类逐步接近真相的时
在扎兹巴姆登陆城的战斗之后，斯雷因带着雅赛兰公主离开。而等到她再次出现在公众面前时，却变成了一个坚定的主战派。斯雷因则加入扎兹巴姆麾下，成为了一个骑士，驾驶着装甲坐骑，在火星和地球的战争中大显身手。伤愈归来后的伊奈帆则是看出了电视上的雅赛兰公主是冒牌货，决心找到真的公主。火星和地球的战争开始进入了相持阶段，丢卡利翁号战舰作为唯一能在科技上和火星对抗的武器，再次被投入了战争之中。
本作品舞台设定于前作一万二千年后的世界。作为普通市民的阿玛塔‧空，在播放《Aquaria舞动于空》的戏院中遇到看一次就迷上电影的御子乃‧铃白，二人后来亦因为这个话题而开始到城中闲逛。这时候，Altair界向他们生活的城镇进行两年来几乎没有停过的攻击，不同的是今次出现了新型Abductor，令人类一方——由圣天使学园学生操控的机械天使Aquaria没法招架。战火很快波及到刚刚认识的二人，阿玛塔在危急关头使用身体潜在的Element能力飞走，却又突然被Aquaria系统选中为Vector Z驾驶员……终焉所引
撼动罗德斯岛全境的英雄战争已过了五年，马莫帝国的黑衣骑士亚修拉姆，造访位于罗德斯岛东北部的玛法大神殿。为了传说中拥有可控制罗德斯力量的“支配权杖(支配の王锡)”，帕恩与蒂德莉特、弗雷姆王卡修一行人，前往魔龙晨曦之星(流星)所栖息的火龙山，和亚修拉姆展开一场激战。（到第8集为止）十年后，憧憬帕恩的少年史帕克，已成长为弗雷姆的见习骑士。在偶然的场合下，撞见马莫帝国的黑暗妖精入侵王城的藏宝库却又无力阻止。为了取回被盗走的宝玉“魂之水晶球”，史帕克与同伴们踏上了追寻黑暗妖精的旅程。旅途中和被命运引导的少女妮丝相遇
在一个魔术理论与科学共同繁荣进步的世界中，因魔导技术而发达繁荣到极点的大都市ArkhamCity正面临着恐怖的犯罪组织「Black Lodge」的强大威胁。由身为绝世无双大魔术师的最凶最恶魔人Master Terion所领导的「Black Lodge」，正准备依照自己的欲望进行各种破坏与混乱，并透过最深邃的魔术之力召唤出最强的魔导机器人「鬼械神」。而为了对抗「Black Lodge」的野心，ArkhamCity的守护者「霸道财阀」制作了一款预备与之对抗，并结合了各种魔术理论的精华而成的最强机器人「Demo
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