小光是一个住在新奥地方的10岁女孩儿。今天是她以新人训练家的身份出去冒险旅行的值得纪念的日子。首先,为了得到最初的神奇宝贝,小光以隔壁城镇的神奇宝贝研究所为目标出发,然而却完全迷了路。正巧这个时候,研究所里新人用神奇宝贝树苗龟、小火猴、圆企鹅开始打架引起了大骚乱!而且,神奇宝贝们从研究所逃了出来,这下子事态更加严重了!历经风波的小光的启程,究竟会变成怎么样呢!?
心中怀着新的理想告别了合众地方的同伴天桐和艾莉丝,立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方,在卡洛斯地方与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。
《神奇宝贝超世代》(Pokémon Advanced Generation)共分为芳缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇,《神奇宝贝超世代》和前面的剧情不一样的就是,故事变成了两个主线,小智为了参加丰缘联盟,努力挑战道馆,丰缘联盟结束后,则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区,而小遥则以成为协调训练家努力,挑战各地的华丽大赛,取得优胜缎带勋章,好参加大型庆典,两人都为了达成各自的目标,与神奇宝贝一同奋斗。 这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历