在上一集J（威尔·史密斯 Will Smith 饰）重新召回K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）作为搭档之后，时间又过去了许多年，但是外星人对地球的觊觎却一直没有停歇。而且J还了解到了K已经死了四十多年。无论未来如何发展，K都和外星人入侵地球有着千丝万缕的联系。而且这段时间，J了解到是一个叫做鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）的外星罪犯在1969年干掉了当时还没有太多经验的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰）。而在四十多年后，这个鲍里斯就成为了地球
辛巴（马修·布罗德里克 Matthew Broderick 配音）的女儿琪拉雅（内芙·坎贝尔 Neve Campbell 配音）调皮好动，喜欢到处奔跑，受辛巴所托看护她的彭彭和丁满实在无计可施。在另一处，刀疤的余党吉娜意图把儿子高孚训练成刀疤的接班人，并蓄谋一场复仇之战， 篡夺荣耀国的统治权。好奇的琪拉雅偷偷去森林外冒险遇到高孚，他们在玩耍时掉进鳄鱼湖。勇敢的琪拉雅救了高孚，两人成为莫逆之交。
几年后，阴险的吉娜设计让高孚混入辛巴的阵营，获取辛巴的信任，再伺机发动复仇之战。高孚与琪拉雅在相处中爱上彼此，于
阿历斯（阿诺•施瓦辛格 Arnold Schwarzenegger 饰）和拉里博士（丹尼•德维托 Danny DeVito 饰）研究了一种新的生育配方――安胎灵，它能大大降低女性怀孕的风险。但这种药却没有获得联邦药物处的人体试验批准，所以一直不能上市。资助方将资金和设备都抽走了，无奈两位博士被竞争对手兼顶头上司诺亚安置到女博士黛安娜（艾玛•汤普森 Emma Thompson 饰）手下协助工作。拉里博士为了他们的产品能顺利上市，偷偷将黛安娜冷藏在实验室准备做实验用的卵子和阿历斯的精子结合成受精卵，并劝服了阿
哈里（阿诺•施瓦辛格 Arnold Schwarzenegger 饰）是美国FBI的高级特工，他正在奉命调查一起跨国核武器走私案件。出于安全考虑，哈里连结婚15年的妻子海伦（杰米•李•柯蒂斯 Jamie Lee Curtis 饰）都没有告诉他的真实身份。海伦是一名普通白领，平凡的生活已令她心生厌倦。一次，汽车商西蒙假扮FBI特工，溜到海伦家谎称自己被人追杀。紧张刺激的经历很快令海伦着迷。这一切都没有逃过真正的FBI特工哈里眼睛。哈里利用间谍侦查手段令到西蒙洋相百出，并化妆成法国人正欲调戏海伦时，被恐怖分子
究竟是什么塑造了真正的你？电影将聚焦乔伊·高纳。这位中学音乐老师获得了梦寐以求的机会——在纽约最好的爵士俱乐部演奏。但一个小失误把他从纽约的街道带到了一个奇幻的地方“生之来处”（the Great Before）。在那里，灵魂们获得培训，在前往地球之前将获得他们的个性特点和兴趣。决心要回到地球生活的乔伊认识了一个早熟的灵魂“二十二”，二十二一直找不到自己对于人类生活的兴趣。随着乔伊不断试图向二十二展示生命的精彩之处，他也将领悟一些人生终极问题的答案。
