自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉
一晃十年过去，地球人和虫族的战争如火如荼，愈演愈烈。某日，空军元帅奥玛•阿诺克（斯蒂芬•霍根 Stephen Hogan 饰）来地球人的远方农场罗库山视察，时任上校的强尼•瑞克（加斯帕•范•迪恩 Casper Van Dien 饰）也一同前来。在此期间，阿诺克的心智被虫王操控，他切断了隔离区的电力，使基地完全失去保护。是夜，虫族对隔离区发动总攻，地球军虽顽强抵抗，终因寡不敌众而告败，基地陷落。阿诺克则和一干心腹逃离，飞船迫降在OM-1行星。 瑞克因失职被军事法庭判处绞刑，行刑之际被政府秘密部门救下。阿
富顿教授（加里·格兰特 Cary Grant 饰）是一位科学家，正在研究一种能够让人返老还童的神奇药物。某一天，富顿用来试验药物的黑猩猩从笼子里逃了出来，在实验室里“大闹天宫”，没想到竟然在误打误撞之下将富顿一直想要研制但始终没有成功的神药给捣鼓了出来。 对此一无所知的富顿在偶然间喝下了这种药物，很快，药效便发挥了作用，富顿一反常态，言行举止俨然一幅二十岁小伙子的模样。秘书路易斯（玛丽莲·梦露 Marilyn Monroe 饰）前来拜访富顿教授，没想到却被他邀请去游泳、溜冰。之后，富顿的妻子爱德华（金
阿达曼是一位电脑专家，某日，他乘坐航天飞机，前往杰威空间站完成任务，让她没有想到的是，在空间站，等待着他的竟然是敌人冷酷的枪口。阿达曼遭到了绑架，绑架者们来自塔伦斯坦，他们的国家正遭到来自俄罗斯的威胁，绑匪们企图通过绑架阿达曼，迫使美国当局同俄罗斯谈判。与此同时，绑匪亦控制了所有卫星，一旦谈判失败，这些珍贵的卫星就将毁于一旦。为了挽回紧张的局面，美国航天局派出了经验丰富的亨德里克上校（丹尼尔·鲍德温 Daniel Baldwin 饰），亨德里克驾驶着飞行器，带着三名部下，企图突围空间站。然而，面对敌人强大
