辛巴（马修·布罗德里克 Matthew Broderick 配音）的女儿琪拉雅（内芙·坎贝尔 Neve Campbell 配音）调皮好动，喜欢到处奔跑，受辛巴所托看护她的彭彭和丁满实在无计可施。在另一处，刀疤的余党吉娜意图把儿子高孚训练成刀疤的接班人，并蓄谋一场复仇之战， 篡夺荣耀国的统治权。好奇的琪拉雅偷偷去森林外冒险遇到高孚，他们在玩耍时掉进鳄鱼湖。勇敢的琪拉雅救了高孚，两人成为莫逆之交。
几年后，阴险的吉娜设计让高孚混入辛巴的阵营，获取辛巴的信任，再伺机发动复仇之战。高孚与琪拉雅在相处中爱上彼此，于
油嘴滑舌的雇佣兵韦德·威尔森（瑞恩·雷诺兹 Ryan Reynolds 饰）与俏皮可爱的瓦内莎（莫蕾娜·巴卡林 Morena Baccarin 饰）邂逅，但在爱情最美满的时刻，他被诊断患有晚期癌症，留在世上的时间所剩无几。极度绝望之际，他接受了弗朗西斯（艾德·斯克林 Ed Skrein 饰）私人组织的邀请，对其基因做了改造，以谋求体能的突变。在忍受了一系列的残酷折磨后，韦德终于治好了癌症，蜕变成拥有不死之身的超级战士，但是代价却是失去了人类的面容。狡猾的弗朗西斯逃之夭夭，而韦德却无法以恐怖的面容去面对女友
一位神秘人物的出现让小镇上的居民终日生活在恐惧之中，他利用一架邪恶的机器制造出了许多可怕的怪物，将它们放到镇上为非作歹。这时，就轮到“秘密公司”的诸位出马了，可摩拳擦掌跃跃欲试的沙吉（马修·里沃德 Matthew Lillard 饰）和搭档史酷比（Neil Fanning 配音）却被告知留守公司，不必参加行动。 不甘心的沙吉决定和史酷比私下里调查事件的真相，以挽回他们一败涂地的名声，没想到却闹出了一大堆的麻烦。随着调查的深入，博物馆馆长帕特里克（赛斯·格林 Seth Green 饰）带着他的阴谋渐渐浮
