「Upotte!!」的故事是以青锖学园为舞台，青锖学园与其他学园的不同之处在于除了男主角外，所有人都是拟人化的枪械，她们从世界各地集中至青锖学园就读，并以子弹的类别区分学年。作为普通人类的男主角现国在不知道青锖学园的真面目便到青锖上任，并遇上各种性格各异的女学生。在天王寺狐的笔下，这些女学生都代表着某一型号的枪械，而她们的性格也会反映着枪械的特性。中等部的女主角芬子是来自比利时型号FNC的枪，她因为看见了现国拿枪的姿势而对他充满好感，并产生了恋爱感觉。
饭冢和人一位平凡的14岁中学生，有天，在回家的途中遭到外星忍者攻击，危急之下七瀬成恵出现救了他一命，拿着球棒把外星忍者打跑的可爱成惠，和人瞬间对她一见钟情。在好友丸尾正树的鼓励下，和人鼓起勇气约成惠出来喝茶当面谢谢她，成惠一开始有点抗拒，并且表明自己是位外星人，和人对此表示不在乎，很快地，他们就成为一对男女朋友了。
七彩的素描是指一部动漫，动漫中描述了拥有超越的绘画天分的男主角浩树，却因故无法再次执起画笔，只能委身于某所大学，担任美术课的顾问；受男主角指导走向绘画之路的女主角艾莉丝，却因目睹双亲车祸身亡的现场，而在生活中非常排斥红色；与男主角青梅竹马的女孩——雾，在高中时代告白时，却遭到男主角的拒绝，后来由于工作关系，又重新闯入了男主角的生活；理想是当个小说作家的LOLI可奈，为了找写作灵感而主动约会男主角，约会中却萌发了爱情的火花。
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