艾米丽的妈妈死在满是血泊的浴缸里，小女孩深受打击，陷入了孤僻。为了让女儿尽快走出阴霾，大卫带着女儿搬到了乡村。在这里，艾米丽结识了她的新朋友——查理，他们一直在玩捉迷藏。可是除了艾米丽谁也不知道查理是谁，他似乎活在女儿的假象中，又似乎就游走在他们周围。恐怖事件接二连三的发生，艾米丽变得愈加神情恍惚，大卫渐渐意识到问题的严重性。他开始潜心记录女儿的言行，希望阻止查理接近女儿
第二季末，华生预备搬离褐石居。本季，华生将会有一位新男友，而福尔摩斯也会有一位新助手。故事将开始于上一季的一年之后，福尔摩斯在英国为MI6服务了一年之后，携新助手回到纽约。他将如何处理他与华生之间的关系？华生的恋爱生活又会如何发展？新人新气象，老友又聚首，2014年10月30日，且看褐石居侦探二人组能否结束分居生活，顺利“复婚”。传世名著又新生，且看编剧如何解局。
歇洛克·福尔摩斯的药物成瘾的根源来自他的内心，在自己和华生医生的努力下，他暂时摆脱了毒品。可是，问题并没有消除，只是潜伏下来了，并且潜伏得很深。在第三季季终，福尔摩斯不幸复吸，其父听闻这一消息后赶往纽约。华生则在丧偶后回到福尔摩斯身边。
一架从汉堡飞往波士顿航班安全着陆，飞机上的机组成员和乘客却全部死亡。这起离奇案件揭开了一连串奇异、危险事件的序幕。FBI女探员奥莉维亚•德纳姆（AnnaTorv安娜•特弗饰）精明干练，她刚刚和同事约翰•斯科特（MarkValley马克•维利饰）确立恋爱关系，然而却在某次调查中痛失爱人。奥莉维亚随后被招入专门负责离奇案件的“边缘档案部门”。在此之后，各种匪夷所思事件接连发生，种种迹象表明，这一切似乎与被世人称为“当代爱因斯坦”的沃尔特•贝肖普博士（JohnNoble饰）以及资力雄厚、背景神秘的巨力公司有关。
