在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后,地球圈取得了短暂的和平。这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议,并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。另一方面,在亚纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·伯恩的少女。奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须阻止“拉普拉斯之盒”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介