在远古时代，轩辕以女娲补天的晶石炼就一柄神剑号领三界和谐相处。后来，神剑失落导至三界混乱。武士“宁定远”与魔界黑风老妖大战得胜，轩辕德行得以延续。不甘失败的黑风伺机偷袭“宁定远”，“宁定远”死前将神剑投入山石中，变回晶石藏在峭壁中，襁褓中的“宁采臣”子被一只小白狐救走，自此宁家与狐族结下不解之缘。三千年后，狐族后代小倩偶遇宁家后代宁采臣并欲追杀之。昆仑山道士、小倩的修行引渡人燕赤霞不明小倩为何大开杀戒。原来是黑风告诉狐族：千年前狐族灭族血案乃宁采臣先人所为。燕赤霞、采臣、小倩、雨生等人找到了真相：狐族的仇
故事发生在明朝万历年间，德高望重受人敬仰的楚留香（朱孝天 饰）来到云来客栈，寻找天下第一美女鱼尺素，同在客栈的还有身为各门派帮主的左又铮、西门千，以及龟兹王爷扎木合等人。灾难忽然降临，客栈的一干人等均因为中了“天一神水”的毒而不治身亡。神水宫的宫南燕指认楚留香是幕后黑手。为了洗清身上的不白之冤，为鱼尺素报仇，楚留香开始调查事件的真相。在此过程中，楚留香结识了同样想替父亲札木合报仇的苏蓉蓉（胡静 饰），在联手寻找线索的过程之中，苏蓉蓉渐渐倾心于风流倜傥的楚留香，然而楚留香心中爱慕的却是琳娘（秋瓷炫 饰），殊
