1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，宇宙中有可能为人类历史上最大强敌的高等生物存在，于是各国政府冻结了国家之间的利害关系，成立了统合军，意图整合世界现有国家组成单一人类政府，并开始重建这艘代号为 ASS-1 的外星太空船。然而，也就是在这个时候，以苏联为首的华约集团，却主张应重视各国之间文化的差异，而反对这项同盟，并组成反统合军同盟，与由西方国家主导的统合军对抗。在2000到2007年之间，双方为取得外星人的遗迹与科技而在世界各地进行激烈的争夺与互角。后世称为（第一次）统合
西元2436年，从太阳系独立出来的人类移民到了距地球150光年远的巴尔干星系，建立起了自己的政府。在巴尔干星系的首都——殖民地“朱诺”居住着双胞胎两兄弟——特尔和莱依，他们因有着政治家和科学家的双亲而在各方面十分优秀。在此光环下安稳生活的两兄弟，在11岁那年双亲被杀害，两人也被送到了一颗未向外界公开的行星“兽王星”——专门流放被判死罪犯人的死亡行星。兽王星拥有恶劣的自然环境和无法想像的生态系统，是个由被称为兽王的王所支配的弱肉强食的世界。对于在殖民地最先进设备和环境保护下成长起来的特尔和莱依两兄弟来说，在
在睡梦中，大空看到很奇怪的景象，但一觉醒来，却发现自己要迟到了······于是大空骑车飞奔回校，不幸吃了一球，和萩原大介撞在一起······幸得麻衣子相救，大空才躲过被揍的厄运。教室里，麻衣子通过利诱和恐吓，逼使大空放学跟她一起走······放学后，麻衣子为了让大空改掉半途而废的坏习惯，带了他到龙宫城的地下游戏中心。在惊讶和兴奋之余大空跟麻衣子去注册，并“挑选”（电脑根据个人资料选择）了一条“睡龙”（战斗力为0），随即便加入战斗。大空在抱怨下被迫参赛，进入模拟世界后很快就遭到大介的风之龙的攻击。带同センコ
“这是距今189年前（西历2167年）所发生的事，当时水蛇座β星（Hydrusβ）发生超新星爆炸，即使距离它20光年的地球也受到很大的伤害。充满着瓦斯的绿色宇宙，这我所知道的宇宙的颜色。不过我很想看看，从前的人们从地球抬头望天所见的宇宙的颜色，所以我要去Stellvia。现在是西历2356年……”
因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persoa能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
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