自前作中蕾哈尔背叛夜，并将其推落水中已经过去6年。在塔的20层，许多甄选人员因无法通过测试而贫困潦倒。甄选人员之一，屡次落榜的青年吉王男屡次被高利贷商人催收用于缴纳考试费用的借款，并终于在可能要签下贩卖自身器官的合同这一前提下，再次挑战20层的测试。在那里出现了一位拥有压倒性力量，把头发绑在后面随风飘舞的，名叫久·威傲来·格雷斯的男子。他是FUG的候补杀手，而FUG则是与统治塔的吉黑德和十大家族相敌对的犯罪组织（即所谓恐怖分子）。在测试中，高利贷商人兼催债人的公子普林斯、莲家千金梨花、人称「右臂恶魔」的大
结束了在蝶屋中的修行的炭治郎一行人，前往了下一个任务地点——无限列车。此处据说在短时间内就有四十人以上的乘客下落不明。炭治郎携带着祢豆子，与善逸、伊之助等人，同鬼杀队最强剑士之一的炎柱炼狱杏寿郎汇合。在驶向黑暗的无限列车中，与鬼展开战斗。
“祇园精舍钟声响，世间诸行总无常。沙罗双树花说法，盛极必衰是沧桑” 平安末期。眼看平家一族将在权力、武力、财力等各方面极尽荣华。拥有看见亡者之眼的男人·平重盛，遇见了拥有看见未来之眼的少女·琵琶。少女预言道：“你们不久便要灭亡”由贵族社会转为武家社会——日本实现历史性变化的、动荡的15年拉开了序幕。
这是关于你的故事。是在你体内的故事——。人类的细胞数量，约为37兆个（新说）。细胞们在名为身体的世界中，今天也在精神满满无休无眠地工作。运输氧气的红血球、与细菌战斗的白血球……那里有关于细胞们的不为人知的戏剧。随着新的细胞、新的细菌与病毒一起登场的全新展开！
心爱在木造房屋小镇度过的第二个夏天即将结束，季节即将变成各种盛大活动满载的秋季。不论是在学校还是在Rabbit House，都有很多开心的事情！心爱、智乃以及大家都难以抑制对未来的期待……！
为了复仇，我又回到这座城市了！8年前，被美少女安达垣爱姬残忍拒绝的肥胖少年真壁政宗，变得超瘦又更改了名字，变身成帅哥回来了。没错，一切都是为了让那个号称残虐公主的抖S女生迷上自己，完成最高形式的复仇——。
只要登上塔，就能得到任何想要得东西。塔顶上有着这世界上的一切，登上塔顶的人可以主宰这个世界……甚至成为神。这是为了追逐星空而登塔的少女·蕾哈尔，以及只要有了蕾哈尔就什么也不需要了的少年·第二十五夜的，“完结”与“开始”的故事。
太正二十九年，帝都·东京。曾经对帝国华击团憧憬的少女独自一人，走上帝都的舞台、再次掀开新传说的幕布。
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