故事以史上首个自律人型AI「Vivy」为主角，是以「歌声带给众人幸福」为使命的「歌姬」。某日自称来自100年后的AI「松本（マツモト）」突然出现，并表示自己将与Vivy共同修正历史、避免100年后人类与AI发生战争，使Vivy踏上破坏AI的旅途。
真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗──在激战的彼端，等待着他的是……
发气扬扬！赌上梦想的男子汉们的激斗开始了——出现在弱小的大太刀高中相扑部的新生，“小小”少年·潮火之丸！这名新部员的体格与以“巨大”“沉重”为绝对的竞技完全不合，但却拥有非同寻常的过去！？火之丸与弱小相扑部攻进的顶点之路——超白热高中相扑，开幕！！
2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫配音）召集巴特（松田健一郎配音）、陀古萨（新垣樽助配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件
时为公元二二〇五年。是以改变历史为目的的“历史修正主义者”开始对过去实施攻击的时代。被赋予了守护历史这一使命的“审神者”，由他们所唤起的最强付丧神“刀剑男士”。这是，他们以“某个本丸”为舞台，一心一意、开朗明快地生活的“花丸”物语——
