结城梨斗(渡边明乃配音)正派开朗,细心友善。一直以来,梨斗都暗恋着青梅竹马西连寺春菜(矢作纱友里配音),可是,对于恋爱一窍不通的梨斗只是将这份强烈的感情深深的埋藏在心底。终于,梨斗再也无法压抑心中对于春菜的爱意了,再三地鼓起勇气,他决定向春菜表白。一次偶然中,一位名叫菈菈(户松遥配音)的女孩从天而降出现在了梨斗的面前,在阴差阳错之间,菈菈竟然成为了梨斗的告白对象,就这样,梨斗和自称是外星公主的菈菈开始了同居生活。也就是从这时开始,杀手暗影(福圆美里配音)、菈菈的妹妹娜娜(伊藤加奈惠配音)和梦梦(丰崎爱生配
西元2199年,来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国,为了挽救母星的危亡,开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败,同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助,向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸,并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下,地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说,像这样的和平是普通到不能在普通的状况。但当由硅所构成的不明生物·异界体(Festum)开始攻击龙宫岛时,他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。为了取回自己的和平生活,他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那(Fafner)和异界体战斗──在激战的彼端,等待着他的是……