1998年，《星球大战》系列即将归来，星战迷们为这消息所深深震撼。巴特勒（萨姆•亨廷顿SamHuntington饰）曾有三个同为星战迷的好友，如今他为父亲的汽车销售行整日忙碌，与哈切（丹•福勒DanFogler饰）、利诺斯（克里斯•马奎特ChrisMarquette饰）、温多斯（杰伊•巴鲁切尔JayBaruchel饰）不再有往日的紧密友谊。某日，利诺斯被查出罹患癌症，只剩下几个月的生命，四个好友终于为此再次团聚，一同前往乔治•卢卡斯的天行者牧场，意图盗取《星球大战》的拷贝先睹为快。一路上，他们经历了同《星
一团硕大无朋的高能离子云，在遥远而神秘的太空中迅疾地飘移。这团能量云具有无坚不摧的威力，足以毁灭宇宙间任何物质结构。在它所划过的轨迹上，早已有好几艘分属银河三大势力的星舰遇难了……地球-银河系星球联邦的重镇，星际舰队总部的所在地。在位于北美洲旧金山的星际联邦舰队总部，寇克将军正像往常一样百无聊赖无所事事，突然间却接到了一个再好不过的命令检视企业号准备执行紧急任务。原来地球的防卫体系己经发现了那团高能离子云，而且侦测出它正对准地球飞来。寇克将军的任务，就是要赶在它到达地球之前，率领企业号先迎上去一探究竟。阔
太空探测器发出的怪声导致地球风暴，并面临自毁的威胁。寇克船长和他们的船员再度担负起拯救人类的使命。他们发现怪声其实是座头鲸的呼唤，唯一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应。
2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了
邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套……
星际联邦的大敌克林贡帝国因为连年争战，经济及生态环境破坏殆尽，一位克林贡领袖遂在企业号太空船护送下前往地球谈和，中途却遭到阴谋份子暗杀，并且嫁祸企业号……
疯狂博士苏伦野心勃勃，藉着超卓武器毁灭宇宙，并走到一处没有时空界限的领域，进行连串恐怖计划。为了挽救人类安危，23世纪的太空船冒险号的队长寇克决定穿梭时空，与24世纪的冒险号船长比加会合，阻止外星侵略行动。
