大正25年，帝都东京。主人公久世鸫出身华族，为拯救走向没落的家族，决定联姻。就在此时，弟弟被卷入叫做“稀有之物”的书籍所引起的事件中。“稀有之物”中寄宿着作者的灵魂与情感，能对读者产生巨大影响。久世鸫以弟弟的事故为契机，可以看见“稀有之物”所散发出的寄宿者的情感——“灵韵”。在困惑的鸫面前出现了自称所属于“帝国图书情报资产管理局”（俗称“鸱鸺”）的人们。他们的职责是收集・管理“稀有之物”，并委托鸫协助参与有关“稀有之物”的调查任务。鸫虽有一丝犹豫，但最终决定参与“鸱鸺”，展开对“稀有之物”的调查活动。这是
近未来，被世人称为“美杜莎”的后天性细胞硬化症候群（ACIS）泛滥全球，被感染者经过30~60的潜伏期后，在短短的12天内就会病发身亡。死时全身石化，其状恐怖。由于没有任何的特效药和对峙办法，人类世界陷入一片末日般的恐慌之中。就在此时，科学研发企业维纳斯门宣称可通过冷冻睡眠的办法为人类保留生命的希望，但是全球仅有160人有资格走入冷冻胶囊。女孩一色霞（花泽香菜配音）幸运地成为160人中的一员，但是她也要被迫和相亲相爱的双胞胎姐妹生离死别。当小霞再次醒来时，发现维纳斯门总部情景怪异，接着一群奇怪生物袭击了这
打倒了敌人“汞合金”的九龙、盖茨等强敌，恢复了以往和平日常的“阵代高中”。但，这样的日子并未延续多久……。持续失态的“汞合金”开始正式向相良宗介等人发动袭击。世界各地的“秘银”基地遭到强袭！泰莎率领的Tuatha de Danaan所容身的“美利达岛”也遭到大量导弹、强袭机兵的攻击。另一方面，魔手也正在逼近日本的宗介与要！！宗介、要、泰莎等人，再度面临试炼！！！
