五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的
大卫（Luke Wilson 饰）与艾米（Kate Beckinsale 饰）是一对刚经历了丧子之痛的夫妻，为了纪念他们即将分解的婚姻，两人驾车行驶在茫茫夜色中，进行他们最后的分手旅行。为抄近路，大卫拐入了一条荒僻小路，然而行驶不久车子即宣告故障，一位子夜时分仍未眠去的年轻人出现帮助了他们，但问题仍未解决。大卫与艾米不得不步行到一家汽车旅馆休息。
洛杉矶接连发生9起绑架案，被绑架者来自各行各业，有神父（马克·麦克雷 Marc Macaulay 饰）、检察官（梅丽莎·乔·哈特 Melissa Joan Hart 饰）、演员还有俱乐部老板，彼此间似乎没有任何关联，而绑架案却都由一人所为，一个戴着蓝色面具、一身黑衣的男子。此案惊动洛城，警方全员出动，却始终找不到任何头绪。与此同时，在城市某各个角落黑暗潮湿的地下室内，9个被绑架者迎来了人生中最为痛苦难熬的时刻。蒙面人要求他们思考被绑架的原因，然后每个10分钟便杀掉一人，直到他们找到原因为止。人质们激烈争论
数学教师亚瑟（托尼·夏尔赫布 Tony Shalhoub 饰）的生活在妻子死于火灾后境变得糟糕。某日，亚瑟突然获悉其叔叔赛瑞斯将一所大宅作为遗产留给了他，于是亚瑟和女儿凯西（莎诺·伊丽莎白 Shannon Elizabeth 饰）、儿子巴比以及保姆四人搬入了豪华的宅邸，正当他们为住所的舒适感叹时，一位不速之客丹尼斯（马修·里沃德 Matthew Lillard 饰）向他们发出警告，原来丹尼斯具有通灵能力，曾经和赛瑞斯一起搭档捉鬼，而赛瑞斯捉鬼的目的，乃是根据古书指引，建造一所用十三鬼魂作为能源，具备预知能
