五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的
这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速
菲利普·德朗布尔（布雷特·海尔赛 Brett Halsey饰）决定完成父亲的遗志，实现他生前留下的实验。但是菲利普的叔叔弗朗索瓦·德朗布尔（文森特·普莱斯 Vincent Price饰）拒绝提供任何帮助。无奈的菲利普只能雇佣艾伦·海因斯（大卫·弗兰克汉姆 David F rankham饰）来帮助自己，并动用父亲留下的资金。可是实验装备还没齐全资金就耗尽了。当菲利普威胁叔叔弗朗索瓦要卖掉属于父亲的那一半财产时，弗朗索瓦突然一百八十度大转弯，不仅态度有所缓和，还答应借给他资金。几经周折，时空交错机器终于启动，
萨兰登扮演的海蓁是小镇 Fort Dundas 的女警长。近来，小镇的平静被一连串血腥谋杀案件打破，凶手以行将就木的老年人为作案对象，手段极其残忍。被害人的嘴巴都被凶手刻意固定，似乎是在发出某个音节。海蓁与刚从多伦多调来的新下属本合作，发现那些音节能拼成一句拉丁语。小镇的牧师告诉她，这是一句失传多年的祷文，说的是要牺牲十二个平民的生命，换来基督的复活。镇上已有九民老人遇害，海蓁要在凶手完成所谓“复活”大业之前，将他缉捕归案。
