变形金刚们的战争已经结束了，一切回归了和平。但是，新的危机诞生了。在宇宙中一个超级黑洞，正在向塞博特恩袭来。但是，没有任何对抗这个黑洞的手段，塞博特恩只有被消灭的命运。就在这个时候，一个叫引天行的古代战士穿越时空，来到了塞博特恩。引天行声称只有一种叫“Planet Force （行星之力）”的东西可以拯救塞博特恩。他让大家找到行星之力，并集中起来。“行星之力”是由创造宇宙的原始天尊的火种制造，它们有着具有巨大的威力。运用这种力量，就可以摧毁黑洞，恢复所有被吞噬的星球。但是在历史上，汽车人探险家为了建造可传
故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
