爱丽丝（米拉•乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）重回在东京，向安布雷拉公司复仇。后者潜藏在地球的底部，威斯克（肖恩•罗伯茨 Shawn Roberts 饰）执行着自以为是的安全技术标准。爱丽丝闯入了禁区，直捣黄龙。而威斯克竟然不惜毁灭城市做困兽斗。最终，当他驾驶着直升机逃离时，却被爱丽丝胁迫，情急之下，他向爱丽丝身上注入了具有对T细胞的免疫病毒，令她丧失了超能力，只能驾机飞翔荒无人烟的阿拉斯加。地球上已经177天没有生命迹象。然而，爱丽丝却意外发现了克莱尔（艾丽•拉特 Ali Larter 饰）
未来某天，地球上突然迎来一群不速之客。为数众多的外星机器人出现在各大城市，它们体形巨大，强悍无敌，可以瞬间将攻击者气化，这使人类感受到空前的压迫和危机。军队长官普瑞特（Darren Dalton 饰）夜间执行任务，抓到两个具有人类体貌特征的男性（Bug Hall 饰）和女性（Sinead McCafferty 饰）机器人。普瑞特连夜审问，却未得到任何线索。不久，女性机器人向善良的士兵麦伦（C. Thomas Howell 饰）吐露了入侵地球的原因：原来拥有高等智慧的外星人始终在观察地球，当它们发现人类过度
某医学博士在派对上被一名透明人杀死，探员特纳（彼得·费辛利 Peter Facinelli 饰）与丽萨在勘察现场时却被告知此案由国防部接手，而他二人的任务是保护女生物学家道尔顿（劳拉•里根 Laura Regan 饰）。另一方面，透明人在杀死医学博士前，得知令自己身体好转的缓冲药剂只有道尔顿才能提供。特纳与丽萨在保护道尔顿的当夜遭透明人袭击，利萨殉职，特纳在突然出现的军方包围中才明白道尔顿和自己都不过只是军方用来诱捕透明人的饵。愤怒的特纳带着道尔顿从军方的控制下逃跑，并要求后者说出透明人与军方千丝万缕联系
2018年，天网系统与人类的战争使世界陷入了末世般的境况，反抗军精神领袖约翰·康纳（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰）带队执行一次任务的过程中获得了战胜天网的新思路，而天网系统适时推出了新的目标排名，康纳位居次席，榜首上康纳此时尚年青的父亲凯尔·瑞斯赫 然在列。与此同时，一名遗忘了自身过去经历的强壮男子马库斯（萨姆·沃辛顿 Sam Worthington 饰）出现在洛杉矶的废墟中，他与反抗军战士瑞斯偶然结识，并组队前往反抗军总部，不料途中遭机械人袭击，瑞斯被俘。落单的马库斯经由反抗军女战
一晃十年过去，地球人和虫族的战争如火如荼，愈演愈烈。某日，空军元帅奥玛•阿诺克（斯蒂芬•霍根 Stephen Hogan 饰）来地球人的远方农场罗库山视察，时任上校的强尼•瑞克（加斯帕•范•迪恩 Casper Van Dien 饰）也一同前来。在此期间，阿诺克的心智被虫王操控，他切断了隔离区的电力，使基地完全失去保护。是夜，虫族对隔离区发动总攻，地球军虽顽强抵抗，终因寡不敌众而告败，基地陷落。阿诺克则和一干心腹逃离，飞船迫降在OM-1行星。 瑞克因失职被军事法庭判处绞刑，行刑之际被政府秘密部门救下。阿
别看如今的杰克（蒂姆·艾伦 Tim Allen 饰）肚大腰圆，他可是曾经为政府所雇佣的超能力秘密特工，当年，为了消灭人类最强大的敌人“激进派”，杰克不仅失去了他的战友们，同时也失去了自身的超能力。军队放弃了再也没有利用价值的杰克，后者则过上了梦寐以求的正常人的生活。二十多年后的今天，当“激进派”分子再一次蠢蠢欲动的时候，军队再度的找到了杰克，这一回，他将扮演一个十分特殊和重要的角色。杰克的任务是教导四个个性极其顽劣的的孩子，教他们如何正确使用和控制各自强大的超能力。对于杰克来说，这四个孩子可比曾经所遇见的
