故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
鲁邦三世发展至今，已有3部TV版，6部剧场版，4部OVA，还有89年起在电视荧幕上不定期播放时长两小时的特别剧场。而这部《鲁邦三世 THE LAST JOB》则是特别剧场的第二十一弹。 在德国的保养所居然发现了日本的国宝级文化财产“地狱如来像”！鲁邦等人想要偷出这尊如来像，却始终被谜之忍者强盗集团组织者莫尔加纳妨碍未能成功，而钱形居然被莫尔加纳所杀……？——鲁邦与莫尔加纳一伙的激烈夺宝战，将在这里白热化。
TOKYO JUPITER MU的自治领域，以东京羽田空港为直径150km的半圆形空间，由外部看类似木星而闻名，内部2300万人的人们皆误以为外部的世界灭亡而生活著，内部比外界时间流动慢6倍，由拥有蓝色血的人类MU密切支配著。 西历2017年东京上空突然出现谜之侵入者，其目的一切不明，之后人类与称之为MU的敌人的超兵器战斗，世界各国的军队均遭到严重的打击，然而在TOKYO JUPITER形成后地球联军与敌方形成胶著状态，直到2027年现在MU的潜在危险仍存在著，地球也持续对抗。.....
