佛罗里达沼泽里，巨蟒的数量激增，威胁到短吻鳄的生存。一个激进的动物保护主义者（女性）将大量蟒蛇偷运到佛罗里达沼泽放生，引起了一个森林巡逻队员（也是女性）的强烈不满。这个巡逻队员历来主张保护短吻鳄。当矛盾激化时，一场蟒蛇战鳄鱼的好戏上演了。Syfy 宣布下一部B级怪兽电影《巨蟒大战恐鳄》（Mega Python Vs Gatoroid）将于1月29日播出。故事描述一个动物保护主义者偷偷将宠物商店里的缅甸巨蟒放入佛罗里达沼泽地里，破坏了当地的生态平衡。为了保护自己喜爱的短吻鳄，当地的护林员给它们注射激素，导致
黑帮老大艾迪•金策划了一起凶杀案，被偶然路过的年轻人西恩•琼斯（Nathan Phillips 饰）目击。为了在法庭上成功指控这个作恶多端的黑社会头子，警方派出资深联邦密探尼维利•费恩（Samuel L. Jackson 饰）负责保护西恩，并将其从夏威夷护送至洛杉矶法庭。为避免证人遇害，尼维利采取声东击西的策略，与西恩偷偷乘上一架普通的红眼航班。 然而这项绝密的计划被艾迪安排在警方的内奸获知，为了逃脱法律制裁，艾迪派出携带大量毒蛇的杀手登上飞机，一场离奇恐怖的血腥灭口案件就此展开……
