美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼DavidDuchovny饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉莲·安德森GillianAnderson饰），表面上是协助穆德工作，实际上是希望这名崇尚科学的理性探员能够制约穆德的行为。两人最初的合作并不理想，完全不同的思维模式时刻导致争论的爆发。但随着各种离奇案件的出现以
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间
漫画家在一场车祸中没了右手。虽然这只手在事故现场并没有发现，但它不久便自行回到他的身边，杀掉了那些惹恼他的人。
穆德（DavidDuchovny大卫•杜楚尼饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（GillianAnderson吉莲•安德森饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（MitchPileggi饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（RobertPatrick罗伯特•帕特立克饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢而散。调查局发现穆德的单位密码和信用卡在失踪后的几天都有使用纪录，甚至发现了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特认为穆德假装失踪，以便盗取资料独自调查。
1967年，在非洲的扎伊尔莫他巴河谷，美国的雇佣军兵营中被一种突如其来的疾病肆虐，死亡人数不断攀升。军医抽取感染血样离开后，整个军营被炸弹摧毁，附近树林中的白脸猴发出阵阵惊叫声…… 直到90年代
隶属FBI的犯罪行为分析小组（BAU）这个由七名精英高级探员组成的团队，继续辗转全国各地，为真实案例提供出色的罪犯心理侧写和犯罪行为分析。严谨精干的主管AaronHotchner为了继续追查连环杀手，选择了留在BAU，妻子因此与他离婚并带走了六岁的儿子。资深高级探员DavidRossi在退休十余年后带着心结自愿回来加入BAU，渐渐习惯BAU的新模式，融入这个团队。自信幽默的DerekMorgan是犯罪重现专家，打击罪犯时决不手软，在组里却是活跃气氛的调节剂．“天才”是对Dr.SpencerReid最简练的
CriminalMinds是一部心理悬疑惊悚剧，一班精英汇集在一起，分析全国最棘手的罪犯的心理，并在他们再次施暴前预测出他们的下一步的行动。特别探员JasonGideon是这个小组的头，他是FBI最顶尖的行为分析专家。其他专家包括：特别探员SpercerReid博士，一位典型的被人误解的天才，他的社交才能之低，正如他的智商之高特别探员AaronHotch，一个居家好男人，他总是能取得人们的信任，并让他们坦白心底的秘密特别探员DerekMorgan，一位强制性犯罪行为专家探员ElleGreenaway，她因
军人之女莎拉和好友梅尔、科里、萨尔、布鲁斯相约自驾飞机前往另一个城市看演唱会，莎拉独自承担驾机任务，路途中充满欢乐，只有布鲁斯隐隐担忧。他们的欢乐没有持续太久，意外很快发生。飞机的升降舵出现问题，被迫驶入一片厚厚的雨云之中，燃油很快耗尽，重要部件相继结冰，飞机随时坠毁。经过一番努力，飞机总算恢复控制。但更恐怖的事随之发生，天空中出现了一只巨大的章鱼。
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