曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。地球圈失去了至今为止的统治机构，在新的支配体系下，新世界被构筑起来。一时的和平到来，与此同时，远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。主人公——少年三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但，CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖，奥尔加·伊兹卡认为这是个机会，并决
童年时期的一个盛夏，女孩子面码（茅野爱衣配音）死于意外。这件突如其来的死亡事件，深深刺痛了她的五个儿时玩伴——仁太、安鸣、雪集、鹤见子以及波波。六人组成的秘密基地“超和平Busters”就此解散，活着的五人带着无法弥补的创伤各自疏远各自长大。十年后，面码居然以一种只有仁太能看见的形式，带着一个想要实现的愿望回来了。本剧场版从面码已经在五个伙伴的帮助下“成佛”讲起，在面码完成心愿消失一年后，仁太他们五人重聚，各自给面码写信，回忆去年夏天发生在“超和平Busters”六人身上的奇迹。
茜（吉冈里帆配音）和葵（若山诗音配音）在很早之前失去了父母沦为孤儿，为了照顾妹妹，茜放弃了和当时的恋人金室慎之介（吉沢亮配音）前往东京的计划，留在家乡找了份工作，扮演起了母亲的替代角色。一晃眼就是13年过去。如今，葵出落成为了大姑娘，身为一名高二学生，葵并没有将心思放在考试和升学上，每天都漫无目的的弹着贝斯，毫无干劲。茜将这一切看在眼里，感到非常的着急。某日，镇上举办了音乐会，在现场，葵意外的发现了金室慎之介的身影，他回到了这个小镇上！与此同时，13年前年仅18岁的慎之介亦穿越来到了姐妹两人的身边。
美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失
鸨羽舞衣与弟弟巧海在摇摆的邮轮上等待到案，他们的目的地是名为“风华学园”的高等学校。父母双亡的舞衣意外获得了风华学院的奖学金，决定与弟弟一起转到这所学校。大海航行之中，舞衣突然发现大海上漂流的一名少女。这名抱着大剑的少女名叫美袋命，舞衣将她救上船。随后，船上又出现一名名叫玖我夏树的神秘长发女子。夏树见到命之后立即要取对方性命，并召唤出机械兽参加战斗！舞衣被眼前发生的情景震惊，但此时，她的超能力也觉醒！原来舞衣也是拥有“HiME力量”的超能力者。战斗过后，舞衣与弟弟巧海继续向风华学园前进，却不知道，那里等待
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