成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣,变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗?2012年《福音战士新剧场版:Q》之后,这部动画讲述了被封印的故事的后续。
14年前,初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击,使世界发生前所未有的巨变。在此之后,葛城美里(三石琴乃配音)等NERV旧部出走,成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香(宫村优子配音)和真里(坂本真绫配音)夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣(绪方惠美配音),但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意,懵懂的真嗣跟随绫波丽(林原惠美配音)登上突然入侵的九号机,返回了千疮百孔的NERV总部。在这里,他意外重逢朝思夜想的绫波,还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰(石田彰配音)共同驾