在情报过度发达的现代社会，人们沉溺在铺天盖地的信息海洋中为其所缚，变得不再自由，为了解决这一问题，一位年轻勇敢的科学家站了出来，试图挑战这种压抑状态……
“我不知道，放弃梦想的方法——”追逐着憧憬的高中生，进入音乐艺能界的名门·绫薙学园的星谷悠太。学园中的花形学科“音乐学科”是全体新生的目标，其中由顶尖三年生构成的组织“华樱会”更是君临学园的顶点。为了进入音乐学科，被“华樱会”的成员看中并接受其直接指导是最好的捷径，但……。虽然有着优秀的才能，却因为各自的问题而陷入从音乐学科候补生中落选的危险境地的那雪、月皇、天花寺、空闲，以及完全是新人的星谷。这样的五人受到了“华樱会”的怪人以及天才·凤的注意……！？青春的喧闹音乐物语开幕！
高三的十月下旬，神原骏河向高中三年级的阿良良木历介绍了一位转校生——忍野扇。放学后，忍野扇说起了一些奇怪的事情。她曾转学过很多次，并将每一次到过的校舍都画成地图。他发现三楼的视听室被拉长，也许有隐藏的房间。扇和历发现了隐藏的房间，进去后里面有停止的时钟和推不动的门窗，一切就像停止了一样…这是解开阿良良木历构成之谜的物语，也是知晓一切起点的物语。
历史上，曾经有着黄金时代、白银时代、青铜时代。「青铜时代」终结后的一千二百年，大陆上新兴的神圣帝国大举扩张版图，许多边远地区的土地都被吞并了。此时，受到帝国进攻的「艾林岛」上，举行着利用歌鲁族的少女莉安珑作为祭品复活魔王「阿隆」的仪式。因为各种原因，仪式本身似乎遭到了失败，魔王「阿隆」却仍然复活了。但，接下来的发展却与人们想象中的并不一样……
在二十世纪袭击地球的大灾害“落星雨”之下，世界多数的都市遭到毁灭。但从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终于诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。故事发生在世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。
本作讲述的是间黑男年轻时所发生的故事。以20世纪60年代后半的国际形势（大学斗争和越南战争等）为背景，描绘了间黑男在取得医大在籍医师资格证后的学习时期发生的各种轶事，由于各种原因无执照进行手术的过程，及高中时期开始以“黑杰克”的身份进行的活动等。
本作是个以日本神话为底蕴而创作、带有奇幻色彩的故事，包含了灵、念、巫觋、神剑等概念，比如主角所在的布椎家就是「巫觋」的家系。巫觋，简单来说类似所谓的乩童，也就是可以让神灵附体的人，他们拥有与神沟通的能力，而媒介就是神剑。布椎暗已是个16岁的俊美少年，由于曾犯下「弑父」的罪行，加上姐姐宁子对他怀有的不伦之情，内心时常饱受煎熬。七地健生是铸造神剑的瓮智彦的后代，两人在出云这个地方相遇，健生的话语解救了暗已被束缚的心灵。后来两人为了寻找失踪的神剑待在一起，开始了一段包含着友情、爱情、亲情、灵异等因素的冒险。
故事发生在近未来的日本，一个叫疏濑的城市中。市民们过着平凡的生活，只不过在城市的一角，山冈上矗立着外形酷似熨斗的医疗机器制造厂，每到固定时刻，那个工厂都会像刚烫完东西一样散发出大量的蒸汽。小学六年级学生直太，高中女生真见美，直太留学的哥哥的女友，三个人一起在河边打发时间。本该一如往常的日子，随着传说中的蜜蜂女——睛子驾驶的机车撞上直太而结束了。直太头上长出了奇怪的角，而睛子居然成为了直太家的佣人？！睛子的秘密与她常念起的“FLCL”的含义，令直太的生活有了翻天覆地的改变。
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