有一天，马格玛星人及孪生怪兽来袭地球。当时身任地球防卫队MAC的队长诸星团，立即变身为赛文奥特曼迎战。但不敌，幸得雷欧奥特曼现身相助，才合力把怪兽赶走。在此战役中，诸星团因伤重而瘸腿，且损坏了奥特眼镜，便再不能够变身成赛文了。因此，他诚邀凤源（雷欧奥特曼）加入MAC，并委以保卫地球的重任。
随着天人（宇宙人）的袭击，城镇和整个江户的价值观发生了改变，宇宙人、高层建筑、摩托车什么的都出现在了世界上。此时依然存在着有着不变灵魂的最后的武士，这个男人的名字是坂田银时，通称万事屋・阿银。阿银是个马虎、鲁莽并且超爱甜食的人，每天在悠哉和若无其事中度过。在与伙伴们共度的时光中，阿银过着充满着笑与泪的温暖生活。
来自“华”国的少年千从，是个有印却无法使用言能的哑炮，但即使如此，他也梦想着能成为最强的言能师，并为此进入学城求学，开启了他的不灭人生。
在父亲经营的小卖店工作的凑活海与大学生的凑勇海两兄弟与妹妹和父亲一同生活在一起，2人突然与在城市中出现的未知巨大生物（怪兽）遭遇！某日，兄弟二人获得了罗布回旋闪光和罗布水晶；以罗布回旋闪光及罗布水晶的力量2人奥特曼变身！罗索奥特曼＆布鲁奥特曼的战斗从此开始！
猫眼三姐妹是个专门窃取美术作品的盗贼集团，她们作案时总会留下带有“猫眼三姐妹”字样的卡片。事实上，被猫眼三姐妹所盗的美术作品原本都属于她们失散多年的父亲海因茨，一位著名的艺术收藏家。犬鸣署的警员内海俊夫负责调查猫眼三姐妹的案子，但是逮捕行动却一次又一次失败。内海俊夫的女友来生瞳，经营着一家名为“猫眼”的咖啡厅，内海却不知道她就是猫眼三姐妹之一……
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。基因石能量不但引出东山再起的虫族，浩肯星人也来到地球抢夺基因石能量。虫兽吸收基因石能量，变得更难对付：独角仙兽吸取金属能量，原本坚硬的外壳变得更加无坚不摧；蜻蜓兽吸收高压电能量，成为能放电攻击的雷霆蜻蜓。加上浩肯星方面火力强大，让变形联盟陷入苦战。
零零柒镖局的犬玖想离家出走，另立门户，听闻最强镖局凌云将会经过洪川峡谷，于是和好兄弟闪电球前去一睹大镖局的风采。却不料路上二人遭遇RX-5机器人对凌云镖队劫镖，被意外卷入一场纷争中。虽然成功阻止了劫镖，但凌云镖队损失惨重，犬玖也受伤昏迷……这位幸运又不幸的少年在红荒大陆的冒险就这样开始了。
时代背景设定在世界变动率为“1.048596%”的2019年。在这样一个机器人已经普遍实用化的未来，种子岛中央高校的“机器人研究部”正面临废部危机，而仅有的两名部员之一的八汐海翔就算面临着如此情况，仍旧对“机器人研究部”兴趣盎然，并且依旧热衷于机器人格斗游戏。而另一位一根筋的废材部长濑乃宫秋穗为了避免被废部，正在以“完成巨型机器人”为目标奋斗着。然而某天，海翔发现了一份名为“君岛报告”的A.R.笔记。在这份笔记里面，记录着名为君岛安科的人将会把整个世界都卷进来的大阴谋……
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