河图十智，谷嵇文太公所立武林十大隐藏智者，约定百年不涉之约。却因着武林瞬息万变，玉龙隐士岳云深步入江湖之中，一连串的反应，也使得河图智者在内的梦铃心、名列首智的鬼机玄图计无谞，同时进入武林之中，三大智者相互较劲。而在此时，神秘的炼魔塔，竟与阎神殿达成合作，进行万灵祭典。置身阎神地界的帝龙胤，要如何应对？正当青阳子步入极寒雪境修练之时，上古不败神话，武涛文贯独千秋竟出现眼前。
世界的中心，盖特皮亚，过去是无边无际的荒芜不断的魔境。女神从天而降，天空中出现了巨大的“门”。人们在“门”里发现了维持着世界的奇迹能源“kirakuri”存在。随着岁月的流逝，盖特比亚作为城市发展起来。在“门”迷宫中专门采集“kirakuri”的宝物猎人出现。维持世界奇迹般的能量，委托给了“kirakuri”猎人的手。主人公凑有一天突然被青梅竹马的优托莉亚叫了出来。在抱着淡淡的期待去了那个地方，凑被优托莉亚告知了——“我……我觉得你很适合当社长！”就这样继承了上一代的遗迹，凑的社长冒险生活开始了。
讲述了大荒中平静祥和与世无争的小村落石村，在稀世珍宝降临后成了各大部族觊觎的对象，村中年仅三岁的孩童石昊在与各部族的战斗中展现出了其在宝术上极强的天赋，由此，他的身世之谜也慢慢浮出水面。
平静的风吹过美丽的大地——阿斯特莱亚大陆。在大陆的某个角落，失去记忆的少年佑树醒了过来。照顾他的小小指引者可可萝。总是饿肚子的美少女剑士佩可莉姆。有一点冷酷的猫耳魔法少女凯露。在命运的指引下，他们创立了名为“美食殿堂”的公会。现在，佑树和她们的冒险揭幕了。
在热爱自由的高中生·纳村不道所转入的爱地共生学园，以护身为名武装起来的女生们正在对男生施行毫不留情的支配！r男生在与女生“共生”的名义下，被“强制”要求舍弃男人身份而生活。纳村刚一转学过来，就引起统率学园的“天下五剑”之一、“鹿岛神传直心影流”的好手·鬼瓦轮的注意，并被当成新的“矫正”对象，受到一决胜负的挑战……。r以“无手”对抗武装少女们，追求自由的纳村不道的命运将会！？
以游戏第2作以后，准备转任法国巴黎的大神一郎回忆队员的往事。前4集每集各为一个小单元，最后两集为一个小单元。
高中生无免偶然获得了一副戴上后无论做什么都会被人绝对认同的面具，然而即便如此他也没能鼓起勇气向暗恋的女生告白。直到发生那个将他的生活完全颠覆的事件……
* 此篇乃是制作动画小组自行产出的剧情，并非原作者和月的构想。rr星霜篇故事发生于人诛篇约十多年后，晚年的剑心与神谷薰同患上不治之症，剑心在甲午战争（日本称为“日清战争”）时于中国失去记忆，最后左之助找到他并助他回到日本，最后剑心死于神谷薰的怀抱之中。故事前半主要以神谷薰的视点描述与剑心的往事，其间亦加插了少量人诛篇的回忆画面。
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