以现代的日本（浮世绘町）作为舞台，描绘了人和妖怪的日常的怪异空想，继承百鬼夜行大头领的少年在妖怪百鬼夜行的世界中劝善惩恶的故事 。 故事中的妖怪，大部份是出自鸟山石燕的“画图百鬼夜行”和竹原春泉的“小人儿书一百故事”的妖怪画集。 作者曾表示，创作时最喜欢听台湾的闪灵乐团，作品灵感也受到该乐团影响。
主人公·有马拓也幼年丧母，身为历史学者的父亲也在两个月前因事故去世。在各个方面都失去了活力的高中最后的暑假。某天，他收到了装有镶嵌着用途不明的圆镜和玻璃珠的奇妙物体的小包裹。一起送来的信中有着令人想到父亲还活着的内容……？！“今晚10点，带着这个东西到剑之岬（三角山）来。”他按照指示前往那个地点，却发现神秘的女性倒在那里。而且，那里还有学园长和神秘转学生的身影。一瞬间，随着大地的轰鸣，他被光所包围……。前往并列世界的旅程，由此开始了。
大正时期，日本。心地善良的卖炭少年·炭治郎，有一天他的家人被鬼杀死了。而唯一幸存下来的妹妹——祢豆子变成了鬼。被绝望的现实打垮的炭治郎，为了寻找让妹妹变回人类的方法，决心朝着“鬼杀队”的道路前进。人与鬼交织的悲哀的兄妹的故事，现在开始！
任职于新宿区政府的宫古新，本应成为一个普通的公务员，却被调遣到了一个东京23区各区都无人知晓的“夜间地区交流科”工作。工作的内容是，解决各种妖怪们引起的超自然事件。与部门的前辈即课长榊京一，和狂热爱好超自然现象的姬冢圣央一起，每日与超越人类常识的存在相处，日日夜夜出勤工作。
少女宫下藤花，当她察觉到“世界之敌”的时候便会诞生出另一个名为“不吉波普”的人格。围绕着各种奇怪的事件，少年与少女们的故事慢慢展开了——
这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。人的细胞数量，约为37兆2千亿个。细胞们在名为身体的世界中，今天也精神满满、无休无眠地在工作着。运送着氧气的红细胞，与细菌战斗的白细胞……！这里，有着细胞们不为人知的故事。
主人公三桥廉，喜爱棒球，初中时依靠爷爷的关系进入校队成为主力投手。毕业后，三桥搬家到其他地方，并进入当地的西浦高中读书。因为初中的阴影，三桥只是旁观着高中棒球部的种种活动。但这个高中的棒球部是个新成立的社团，因此他立即收到队内捕手阿部的邀请。阿部对他的投球赞赏有加，认为他具有超群的控球能力。然而比起这一点，阿部更欣赏三桥与投手这一位置相配的性格。随着其他角色球员的加入，西浦高中棒球部全员集结，开始前进。
薄樱鬼即指土方岁三。此名为游戏土方线结尾土方与风间决战前风间所起。薄樱意为如樱花般绚烂而又转瞬即逝；鬼则指土方身为人类，却始终坚持贯彻自身信念，高洁之心令人钦佩，拥有能与鬼族平起平坐的强大实力与内心（风间是鬼族，一直对自己的鬼族身份感到骄傲，视罗刹为不伦不类的“伪物”）。其实新选组众成员又有哪个不是如此呢？
