女法医聂宝言上部黯然与督察曾家原分手后离港，终因姐聂宝意结婚而返港并复职。宝言、家言二人重遇，但因宝言看穿小棠对家原仍未忘情，遂有所保留。小棠为成全二人，假意和宝言下属杨志伦扮作情侣，宝言、家原终复合。 另一方面，聂津津因觉曾家乔性格不合而提出分手，性格不合而提出分手，辗转与男模特儿袁天明展开恋情，曾家乔无奈之余，迁怒袁天明妹妹袁天晴，二人终日斗法，成斗气冤家。宝言、家原合力侦破不少案件，感情更见一日千里。当二人得悉小棠和志伦只是伪装时，决定撮合她与有为律师王英杰，却不知令她堕入了死亡陷阱。
女法医聂宝言的父是拆弹专家，一次行动中却意外被炸死，聂宝言化悲愤为力量加入法医行列，以继承其父的遗志，捍卫社会公义。聂宝言的姐姐聂宝意，是著名的专栏作家兼电台节目主持，专替人解决家庭及爱情纠纷，惜能医却不能自医，与女儿津津关系恶劣。津津偶然认识了在法证科工作的曾家乔，曾家乔曾涉嫌谋杀女友，津津深信曾家乔无辜，遂与聂宝言及曾家原合力找出真凶，助曾家乔洗脱罪名！津津知他暗恋女CID蔡小棠，遂帮他追求，却发现蔡小棠已心有所属，无奈只好放弃。曾家原与蔡小棠在工作当中发生感情，而这时言也发现对曾家原爱到不能自拔。
高婕失忆后离开大勇返回了加拿大。与爱人天隔一方的大勇思念高婕心切，准备飞往加拿大。正当他准备前往加拿大时，意外得知高婕回港了。原来高婕这次回来是要前往北京去做访问，死心不惜的大勇为了唤醒爱人的记忆跟着她一起来到了北京。高婕在机上遇一个叫罗道风的人，他说认识她，令到高婕以为是他失忆前的朋友，两人于是聊了起来。殊不知一起离奇的命案就起源这一次无心的聊天！大勇这次上北京本来准备挽回高婕的爱情，岂料在北京他们却意外卷入了一起离奇的真假高婕杀人案。
张大勇与李忠义这对默契排档继续与狡猾凶狠的罪犯斗智斗勇。感情方面，张大勇与高婕成为斗嘴情侣，感情稳定增长。新来的女警员蓝嘉文单纯善良，暗恋张大勇并主动示爱。令张大勇和高婕的问题出现新的危机。此时，高婕发现蓝嘉文过去曾在外国因为三角恋而放火杀人，正当要揭发这一段过去时，高婕的朋友离奇被杀。蓝嘉文对过去的矢口否认也不像假装，张大勇与高婕的误会加剧，事情的真相扑朔迷离。
1999年的最后一个夜晚，淮海市党政军领导出席的大型庆祝晚会上，黄梅戏《天仙配》正演到高潮之际，因爱生妒的小生朱永生突然挟持了著名花旦梅玲，他露出腰上的雷管炸药，扬言要炸掉大剧院，并限瓜子大王项光荣15分钟之内来剧院理论。刑警队副队长刘跃进赶到剧院，以过人的智勇，降服朱永生，救出梅玲。心存感激的梅玲不久后成为刘跃进的妻子，而当过侦察兵的朱永生后来也逃掉了，并成为淮海市的一大祸害———这是后话。
督察江子山头脑冷静，思想慎密，做事客观，虽与独断独行的沙展徐飞合作，但仍能以柔制刚，充份利用对方敏锐的直觉和丰富的经验，屡破奇案。在江子山的帮助下，徐飞也立下不少大功，事业亦见起色，性格迥异的二人成为了好搭档和好朋友。 生活中，他们二人都纠缠于两段解不开的感情。江子山和女朋友文婉兰相恋多年，感情稳定，文婉兰的好朋友唐心如却对江子山一见钟情，文婉兰因为父亲的案件入狱后，江子山和唐心如的慢慢有所发展，但是随着文婉兰的出狱，二人感情开始动摇。徐飞对失踪多年的女朋友梁芊芊一直无法忘情，直到遇上警队的心理专家武俏君
法证部高级化验师高彦博为人博学、冷静、机智，曾经破获过许多曲折离奇的案件。他的好友古泽琛，是著名推理小说家，凭借着解剖尸体和活体取证，为死者或受害人说话，把罪案的真相呈现眼前。古泽琛同时又和法证部政府化验所技术员林汀汀共同经历了一段起伏的感情路，终于有情人终成眷属。然而天有不测风云，就在幸福即将来临之际，一宗牵涉国际毒贩的凶杀案却悄然而至。
高彦博是法证事务部的高级化验师，他冷静理智，洞察力过人。他通过观察一根头发，衣物纤维便能协助警方破案。但没有想到的是，妻子的弟弟，身为法医的古泽琛和高级督察梁小柔，都怀疑高彦博毒害了自己的妻子。高彦博只好用自己学习的专业知识证明自己的清白，后来高彦博、古泽琛和梁小柔三人都成为了各自领域的精英，一起携手合作揭破了一宗又一宗迷离案件，但谜团还是不断出现，甚至威胁到了他们的生命危险。
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