高婕失忆后离开大勇返回了加拿大。与爱人天隔一方的大勇思念高婕心切，准备飞往加拿大。正当他准备前往加拿大时，意外得知高婕回港了。原来高婕这次回来是要前往北京去做访问，死心不惜的大勇为了唤醒爱人的记忆跟着她一起来到了北京。高婕在机上遇一个叫罗道风的人，他说认识她，令到高婕以为是他失忆前的朋友，两人于是聊了起来。殊不知一起离奇的命案就起源这一次无心的聊天！大勇这次上北京本来准备挽回高婕的爱情，岂料在北京他们却意外卷入了一起离奇的真假高婕杀人案。
张大勇与李忠义这对默契排档继续与狡猾凶狠的罪犯斗智斗勇。感情方面，张大勇与高婕成为斗嘴情侣，感情稳定增长。新来的女警员蓝嘉文单纯善良，暗恋张大勇并主动示爱。令张大勇和高婕的问题出现新的危机。此时，高婕发现蓝嘉文过去曾在外国因为三角恋而放火杀人，正当要揭发这一段过去时，高婕的朋友离奇被杀。蓝嘉文对过去的矢口否认也不像假装，张大勇与高婕的误会加剧，事情的真相扑朔迷离。
1999年的最后一个夜晚，淮海市党政军领导出席的大型庆祝晚会上，黄梅戏《天仙配》正演到高潮之际，因爱生妒的小生朱永生突然挟持了著名花旦梅玲，他露出腰上的雷管炸药，扬言要炸掉大剧院，并限瓜子大王项光荣15分钟之内来剧院理论。刑警队副队长刘跃进赶到剧院，以过人的智勇，降服朱永生，救出梅玲。心存感激的梅玲不久后成为刘跃进的妻子，而当过侦察兵的朱永生后来也逃掉了，并成为淮海市的一大祸害———这是后话。
督察江子山头脑冷静，思想慎密，做事客观，虽与独断独行的沙展徐飞合作，但仍能以柔制刚，充份利用对方敏锐的直觉和丰富的经验，屡破奇案。在江子山的帮助下，徐飞也立下不少大功，事业亦见起色，性格迥异的二人成为了好搭档和好朋友。 生活中，他们二人都纠缠于两段解不开的感情。江子山和女朋友文婉兰相恋多年，感情稳定，文婉兰的好朋友唐心如却对江子山一见钟情，文婉兰因为父亲的案件入狱后，江子山和唐心如的慢慢有所发展，但是随着文婉兰的出狱，二人感情开始动摇。徐飞对失踪多年的女朋友梁芊芊一直无法忘情，直到遇上警队的心理专家武俏君
法证部高级化验师高彦博为人博学、冷静、机智，曾经破获过许多曲折离奇的案件。他的好友古泽琛，是著名推理小说家，凭借着解剖尸体和活体取证，为死者或受害人说话，把罪案的真相呈现眼前。古泽琛同时又和法证部政府化验所技术员林汀汀共同经历了一段起伏的感情路，终于有情人终成眷属。然而天有不测风云，就在幸福即将来临之际，一宗牵涉国际毒贩的凶杀案却悄然而至。
高彦博是法证事务部的高级化验师，他冷静理智，洞察力过人。他通过观察一根头发，衣物纤维便能协助警方破案。但没有想到的是，妻子的弟弟，身为法医的古泽琛和高级督察梁小柔，都怀疑高彦博毒害了自己的妻子。高彦博只好用自己学习的专业知识证明自己的清白，后来高彦博、古泽琛和梁小柔三人都成为了各自领域的精英，一起携手合作揭破了一宗又一宗迷离案件，但谜团还是不断出现，甚至威胁到了他们的生命危险。
本剧精选了发生在杭州、温州及深圳、上海等地的10个真实的女性严重犯罪案例，以超纪实的手法真实再现了各案发地公安机关艰难曲折的侦破过程，同时客观地展现了这些女性在生活中遇到的种种矛盾与冲突，探寻其心里蜕变的轨迹，记录了他们在临近生命终结时的忏悔，让人们在铁窗、铁镣的强烈反差中懂得自由的可贵，在美丽和丑恶的对比中感悟人性的真谛。全剧始终给观众以强烈的视觉冲击和心灵的震撼。
2005年春，一个号称投资上亿，名为HRD的医药项目将落户蓝海。蓝海市两家龙头企业，南华制药和东森制药展开了激烈的竞争。南华的老板郭林打算在这次的竞争中一举击败东森的老板李小军，以了结双方多年来的宿怨。恰在此时，人称“贼公子”的熊伟为报父仇，潜入了郭林家，试图寻找置郭林于死地的证据，结果却意外碰上郭林的妻子方华和郭林的司机刘成仁偷情。熊伟从保险柜里拿走了一个U盘和部分现金。未曾想，他的这一举动成了引发蓝海市血雨腥风的导火线。不久刘成仁被人追杀，手指被砍掉，南华发生了爆炸，郭林心腹廖主任受伤。刑警队长刘建平
