位于东京的东都线地铁开通当日,一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发,导致东都线列车损毁。经过一番推理,柯南(高山みなみ配音)等人认定这与8年前朝仓主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝,朝仓动员北之泽村的人民搬入新村,可是仍有许多人反抗到最后阶段。为了探明真相,柯南、灰原(林原めぐみ配音)、少年侦探团以及毛利小五郎(小山力也配音)等人开赴白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国,少年们尽情玩耍,与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民,山尾溪介、远野瑞希、立原冬美等人。他们是从小一起长大的好
晴朗时节,江户川柯南(高山南配音)和毛利小五郎(小山力也配音)、小兰(山崎和佳奈配音)以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都,他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰,体验一把出海作战的感觉,期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海(柴咲幸配音)。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代,战舰上突然发现一条断掉的手臂,消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾,伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手,柯南和灰原哀(林原惠美配音)、阿笠博士(绪方贤一配音)、服部平次(堀川亮配音)以及远