在某个朔夜,犬夜叉一行和妖怪奈落展开最终决战。经过一番艰苦缠斗,他们终于消灭这个邪恶的妖怪,漫长的征战终于告一段落。戈薇短暂回到现代休整,随后再次和犬夜叉、七宝踏上寻找四魂玉碎片的旅程;法师弥勒的风穴消失,他返回寺庙拜祭父亲;珊瑚则和云母四处寻找流浪的弟弟琥珀。 安宁的日子并未持续太久,获得自由的神乐在神无的的指引下,见到被封禁在生命之镜中的神久夜。五十年前,在神久夜的力量下,大地陷入永久的月圆之夜。弥勒的父亲弥苞法师将其封禁。为了解开禁锢,神久夜授意神乐寻找龙头之玉、蓬莱玉枝、佛之石钵、火鼠裘、燕之子
元军攻打日本之际,中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里,他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战,大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。时间回到战国时代,四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森,唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量,玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森,并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失,被封印上百年的力量开始复活,玛瑙丸变得愈加强大。与此同时,玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴,使犬夜叉一方陷入苦战;另一方面,戈薇的意识被玛瑙丸控