城市需要英雄来拯救,黑暗降临纽约,大反派施莱德和他率领的异族用铁腕压制一切,从警察到政客都被其所控制。神龟们和无畏的女记者爱普莉尔以及聪明的摄像师菲诺通力合作,摧毁施莱德的恐怖计划,让这座城市重新恢复宁静。
城市在恢复平静后,大反派重新召集旧部卷土重来,并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球,忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、韦恩·芬威克,及面具义警凯西·琼斯并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后,他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合,发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时,他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗,神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。
繁华大都会美国纽约,邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹,甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统,发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面,在第二次遭遇非常事件时,她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟:拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆,当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯,可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后,才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……