西佳敬（北野武饰）是一名警察，几年前女儿不幸死去，现在妻子（岸本加世子饰）患白血病已到晚期。好意让他去探望妻子的搭档堀部（大杉涟饰），则在任务中严重受伤，导致下半身瘫痪，与轮椅为伴。后来西在一次逮
明治政府建立二十余年，新时代虽已来临，却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中，战争的阴影仍笼罩在日本的上空。当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定：弥彦成长为正直善良的剑客；左之助也少却了青春孟浪，变得沧桑；剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下，誓要成为绝世高手，却与父亲分外隔膜；剑心接受政府的任务赶赴大陆战场，为了赎回前半生的罪过而疲于奔命，逆刃刀从此封存，家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。这不再是关于明治剑客的浪漫谭，这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……
* 此篇乃是制作动画小组自行产出的剧情，并非原作者和月的构想。rr星霜篇故事发生于人诛篇约十多年后，晚年的剑心与神谷薰同患上不治之症，剑心在甲午战争（日本称为“日清战争”）时于中国失去记忆，最后左之助找到他并助他回到日本，最后剑心死于神谷薰的怀抱之中。故事前半主要以神谷薰的视点描述与剑心的往事，其间亦加插了少量人诛篇的回忆画面。
明治11年夏天，维新重臣大久保利通突遭暗杀。在这起事件背后，前维新志士志志雄真实（池田政典 配音）的身影渐渐浮现。当年他曾接任剑心担任刽子手，却最终遭到维新政府的背叛险致丧命。从地狱活转过来的志志雄，如今开始慢慢揭开“京都破坏计划”的黑幕。为了阻止志志颠覆明治政府的阴谋，密探集团——京都御庭番众的首领•翁交给遗孤少女卷町操（樱井智 配音）一项重要的任务，命她前去寻找曾经暗中支持着明治维新的刽子手拔刀斋——绯村剑心（凉风真世 配音）。操独自来到东海道，意外得知了心上人四乃森苍紫（安原义人 配音）的消息，
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