每个人都有不可告人的一面——这是一个世界各国均暗地里进行激烈情报战的时代。东国（Ostania）与西国（Westalis）的冷战状态已经持续数十年。“黄昏”是西国情报局东国对策科“WISE”的一名优秀间谍。为调查威胁东西两国和平的人物——东国国家统一党总裁多诺万·德斯蒙，上级给予了他一个绝密任务。任务名为：“枭”（Strix）行动。内容是“一周之内组建家庭，潜入德斯蒙儿子就读的名门学校的联谊会”。于是“黄昏”扮演成精神科医生劳埃德·福杰，开始组建家庭。然而，他找来的女儿阿尼亚是个能读心的超能力者，妻子约尔
在人与动物和谐共处的街道“动物镇（アニマルタウン）”，最喜欢动物的彩羽（いろは）和她的宠物狗小麦（こむぎ）是要好的朋友！某天，谜之生物焦躁怪（ガルガル）在街上大暴走！但是，小麦为了保护彩羽变成了人的模样，变身成了Precure...！？必须要帮助内心焦躁的孩子！齐心协力将动物们送回微笑花园（ニコガーデン）吧！没关系，让我听听你的声音吧！
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。面对文明毁灭的石之世界（STONE WORLD），千空决定依靠科学的力量取回原本的世界。他召集新的伙伴，创立了『科学王国』。火、铁、电气、玻璃、手机……千空等人开始跨越从石器时代到现代文明的200万年科学史。但号称灵长类最强的高中生·狮子王司所统率的『武力帝国』却阻挡在他们面前。以净化人类为目标的司，企图利用强大的武力来阻止科学的发展——STONE WARS，就此开战！
——自由、是多么美丽、而又多么残酷啊。成功从Grace=Field House逃出的15个孩子。等待在抛弃虚伪的乐园而勇敢追求自由的他们的面前是、未曾见过的动植物、以及一路追赶而来的「鬼」……外面的世界是如此美丽，却也如此残酷。但是孩子们并没有放弃。「密涅瓦」的讯息、诺曼留下的一支笔根据这些引导，奔向明天。去迎接留在House的「家人」，为了完成那个约定。
喜欢魔术的高中生黑羽快斗。父亲是天才魔术师，但也有世界大盗怪盗基德这一不为人知的一面。然而，他的父亲因魔术中的意外事故而去世了。自那8年后，快斗意外得知了父亲背后的一面，怀疑他非因事故而死，而是被什么人所杀害的。为了解除这个疑惑，快斗身着礼帽和白色斗篷，继承了父亲的轨迹，成为了怪盗基德。
高中生本田透在失去了自己唯一亲人的母亲之后过起了独自一人的帐篷生活。但是，透安扎帐篷的地方刚好就是历史渊源的家族“草摩家”的领地之内！在草摩紫吴的邀请下成为了草摩家佣人的透，居然要与学校里王子般存在的草摩由希、以及视由希为眼中钉的草摩夹这两人一起生活。然而，透却仍未知晓。“草摩家”自从数百年前起就被忌讳的诅咒所束缚的事实……
当有什么东西达到“100”的时候，就会爆发的少年·路人（龙套）。外表极其普通——不如说是不起眼。不擅长迎合气氛的他，实际上拥有着强力的超能力。盯上了这样的他的能力，而接连现身的伪灵能力者以及宗教团体、不良头头、谜之秘密组织……。在追求普通青春的龙套之处，平稳的日子究竟会不会到来？
平凡的中学二年级少年影山茂夫，因其微弱的存在感与名字茂夫的谐音被周遭人称为龙套（モブ），但不起眼的他其实是强大的天生超能力者。历经每一次的成长，龙套开始认为自己的超能力是危险的存在，为了不让超能力失控，龙套无意识的压抑著情感。虽然只想平凡的度过每一天，但各种麻烦却接二连三找上他，随着被压抑的情感在内心一点点膨胀，龙套体内积累的力量似乎也正蠢蠢欲动......
