成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣,变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗?2012年《福音战士新剧场版:Q》之后,这部动画讲述了被封印的故事的后续。
在每一个角落都被探索完毕的世界中,唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。不知道延续到何方,深不见底的巨大纵向洞穴,栖息着奇妙奇怪的生物们,沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们,并驱使人们展开冒险。如此,多次挑战大洞穴的冒险者们,陆续得到了“探窟家”的名号。住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可,梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家,并解开阿比斯的谜团。某天,以母亲莱萨的白笛被发现为契机,莉可决定潜入阿比斯深处。被莉可捡到的丧失记忆的机器人雷格,也为了寻找自己