1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。11岁的少年八神太一（藤田淑子配音），和伙伴石田大和（风间勇刀配音）、武之内空（水谷优子配音）、泉光子郎（天神有海配音）、太刀川美美（前田爱配音）、城户丈（菊池正美配音）、高石武（小西寛子配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后
菜之花自由象往常一样穿过一片竹林去上学，却遇到一个貌似流浪武士的怪人。这个自称为小田豪鲤之助的人，似乎非常中意自由，千方百计要把一个心型的眼罩送给她。虽然被迫收下了眼罩，但自由没有把它当回事，依旧和朋友们过着轻松的学校生活。直到某天，自由遇到一个要找柳生十兵卫复仇的怪异武士要杀她，危机中自由被鲤之助戴上了眼罩：一个帅气的女剑客出现在了敌人面前并漂亮的打败了对方，第二代柳生十兵卫诞生了！ 敌人似乎无穷无尽的来袭击自由，他们都是300年前的十兵卫的宿敌，为了复仇而忍耐时间的流逝伺机而动。自由厌烦了这种生活，
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