美国队长史蒂夫·罗杰斯带领着全新组建的复仇者联盟，继续维护世界和平。然而，一次执行任务时联盟成员不小心造成大量平民伤亡，从而激发政治压力，政府决定通过一套监管系统来管理和领导复仇者联盟。联盟内部因此分裂为两派：一方由史蒂夫· 罗杰斯领导，他主张维护成员自由，在免受政府干扰的情况下保护世界；另一方则追随托尼·斯塔克，他令人意外地决定支持政府的监管和责任制体系。神秘莫测的巴基似乎成为内战的关键人物……
故事发生在英国维多利亚女王统治时期，多力特拥有着能够和动物交谈的特殊能力，和妻子一起在老家经营着一家动物医院。一场意外夺走了多力特妻子的生命，这巨大的打击让多力特封闭起了心门，拒绝和任何人类接触。一天，一个名叫汤姆的男孩闯入了多力特的家，带来了一只受伤的松鼠，希望多力特能够救它。与此同时，维多利亚女王患上了一种怪病，于是派出了侍女萝丝去拜访多力特，请他出山。多力特所拥有的动物庄园归属于女王的名下，如果女王去世了，那么多力特将失去他和动物们这唯一的乐园。
一声响指，宇宙间半数生命灰飞烟灭。几近绝望的复仇者们在惊奇队长的帮助下找到灭霸归隐之处，却得知六颗无限宝石均被销毁，希望彻底破灭。如是过了五年，迷失在量子领域的蚁人意外回到现实世界，他的出现为幸存的复仇者们点燃了希望。与美国队长冰释前嫌的托尼找到了穿越时空的方法，星散各地的超级英雄再度集结，他们分别穿越不同的时代去搜集无限宝石。而在这一过程中，平行宇宙的灭霸察觉了他们的计划。
彼得帕克在内战后受到了钢铁侠托尼斯塔克的赏识，表面上，彼得进入托尼的公司成为了一名实习生，实际上，他和复仇者联盟的成员们一起接受了各种各样的训练。托尼虽然欣赏彼得的勇敢和正直，却并不认为他目前已经拥有加入复联的实力，他派出了特工哈皮暗中观察，这让十分想证明自己的彼得感到万分焦躁。在对付两个银行劫匪的过程中，彼得发现劫匪们使用的是一种前所未见的新型武器，他孤身一人深入敌后顺藤摸瓜找到了幕后主使秃鹰，让他彼得没有想到的是，秃鹰竟然是他爱慕的女生利兹的父亲。
平静的新英格兰小镇中，出现了一名恐怖的连续杀人凶手，这名凶手出现在克蕾儿的梦中，克蕾儿发现他的梦能预知凶手的下一步行动，但他的丈夫和心理医生以及警方都不相信她拥有这种预知能力，克蕾儿必须单独面对杀人凶手，以阻止下一个命案的发生。
老手与菜鸟飞机师驾驶的是中央情报秘密行机，运载东西更是包罗万有，从难民到军阀，从手榴弹到小猪，真是无奇不有。
美国队长史蒂夫·罗杰斯带领着全新组建的复仇者联盟，继续维护世界和平。然而，一次执行任务时联盟成员不小心造成大量平民伤亡，从而激发政治压力，政府决定通过一套完整的监管系统来管理和领导复仇者联盟。联盟内部因此分裂为两派，神秘莫测的巴基似乎成为内战的关键人物。
