2006年,为配合NDS版(钻石、珍珠版)的上市,TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》(PokémonDiamond&Pearl,简称DP)。对战开拓区篇结束后,小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别,小胜回到了橙华道馆,小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励,独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。新登场的女主角小光,其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家,小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。
圣诞夜,退役自行车选手Gin,性倒错者花,离家出走的少女美由纪三人在东京的雪夜中无所事事。这时,他们发现垃圾堆中有一位哭泣的弃婴。孩子的襁褓中仅有一个酒吧的名片与照片。婴儿的父母身份成了谜团。花想收留孩子,并将孩子取名清子。但另外2人表示反对。于是三人开始了寻找清子父母的旅程。圣诞夜幸福的气氛,伴随的却是怀中清子的哭泣。无家可归的三个人,开始为同样无家可归的清子找寻属于她的家。这一队流浪者,在一夜经历了诸多奇妙的事件。他们能找到清子的父母吗?
60岁的立花源也和28岁的摄影师井田恭二不远千里跋山涉水上门去拜访隐居了三十年的一代影星藤原千代子,为了给她拍摄一生自传的纪录片。款款前来的千代子虽然已界75岁高龄,但仍然优雅美丽,左眼下标志性的小痣也仍然俏皮。立花双手递上一把钥匙,千代子深受震动,称这把钥匙是开启一个秘密的关键,当年她不慎丢失,今日竟还能再回手中。千代子的思绪飞到老远。1926年9月1日,藤原千代子呱呱坠地,水灵清秀的她16岁就被星探发掘,然而直到遇上一个画家,她救他于乱世中,藏于自家仓库内,他赠她一把钥匙,说这是开启秘密的关键,并承诺
伊庭树(福山润配音)是一位平凡的少年,在一场意外中,他失去了右眼,不得已带上了眼罩。伊庭树的个性格外懦弱胆小,稍有不慎就会吓到晕倒。七年前,伊庭树的父亲无故失踪,七年过去依旧了无音信,依照法律,伊庭树即将继承父亲的财产——一间名为阿斯特拉尔的公司。让伊庭树没有想到的是,这间表面看来十分普通的公司,经营的竟然是租赁魔法使的生意,个性活泼温柔体贴的穗波(植田佳奈配音)、美丽高贵的阿缔莉西亚(高桥美佳子配音)、稳重可靠的猫屋敷莲(诹访部顺一配音)、活泼乐观元气满满的葛城美贯(钉宫理惠配音),这些异于常人的魔法师