“闇之书事件”(参照魔法少女奈叶A’s)的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人,怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局,并以一流魔导师的身分活跃。在此当中,出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”(レリック),以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”(ガジェットドローン)。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况,八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性,设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。另一边,时间回溯到四年前。昴·
平凡高中生多华宫仄(小林裕介配音),过着平平无奇的日子。学校里最受欢迎的被称为“公主”的火火里绫火(濑户麻沙美配音)是他的同班同学,而且是他的邻座。火火里绫火容貌美丽、身材姣好,身边总是围着一大群粉丝,多华宫仄曾以为自己和她永远不会有交集。命运却在这一天发生改变,仄无意中捡到了一只奇怪的兔子布偶,触发了危及性命的灾祸。千钧一发之际,作一身魔女打扮的火火里绫火救了仄,在一片火海中,她说仄是她的“公主”,她的使命就是保护仄。仄对此一头雾水,危险的事情却接踵而至。更神奇的是,仄所在班级迎来了五个魔女插班生,他的
由人类改造而成的“水之星球”AQUA上,有一座著名的观光城市“新威尼斯”。15岁的水无灯里(叶月绘理乃配音)从地球来到新威尼斯,憧憬着成为一名帅气的领航员,“领航员”的主要工作是划着凤尾舟载着游客领略水城的美景。她在一所叫亚利亚的领航公司中担任领航员工作,她先后结识了蓝华、爱丽丝等好友,还遇上被称为“三大水精灵”之一的艾丽西亚前辈。身为“半熟手”的灯里,尽管还不能熟练地出航招待客人,但她每一天都为梦想而努力着。在水之城新威尼斯上,乐天派的灯里和她的朋友们经历着各种各样的新鲜事,从这些与地球全然不同的际遇中