这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅,一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观,发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士,50名游戏体验者也多是他们的后代,新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写,也来到现场。这边热热闹闹,游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中,他利用优作的关系加入了体验者队伍,小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。50名体验者刚分别进入
知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信:在26个字母的盘旋飞舞中,他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析,认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石,当晚他及柯南、小兰等人来到剧场,那里早有诸多警察守候。令柯南吃惊的是,基德竟扮成工藤新一出现在众人面前,但他及众人方向不同的紧张过后,宝石并没被盗,柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上,尚有一起杀人计划正被精心设计。
铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败,决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号,并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注,邀请基德前来挑战,看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请,甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝,双方的对决悄悄展开。另一方面,恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久,红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所,并盗走一种致命的病毒。本片根据青山刚昌的同名漫画改编,是该动画的第14部剧场版。
柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕,绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼,毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀,携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下,他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦(森谷帝二的弟子,第一弹《引爆摩天楼》中,森谷曾向新一挑战)、天才程序员原。期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害,目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系,不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似
柯南和小五郎等拉着大队,来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传,大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”,及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传,在“海底宫殿”附近潜水时,意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人,不料其中一人突然遭鲨鱼攻击,不幸身亡!小兰和园子幸运逃难,柯南见那位猎人死状诡异,与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死,跟宝藏传说有着莫大关系,他试图解开背后原因,“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“JollyRoger(海盗旗)”
柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀,忙将凶手追踪,但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸,似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件,目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问,白鸟警官只答一句“Neednottoknow”。该话是警察之间所用的密语,意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴,电突然间停掉,那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手
风和日丽的一天,铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南(高山南配音)和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡,柯南锁定凶手果断展开追击,然而对方胆大非常,公然炸毁拦截他的警车,在重重包围中脱身而去。在此之后,FBI和日本警方组成联合调查总部,经朱蒂•斯泰琳(一城美由希配音)介绍得知,嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章,但是后来被战友指控违反交战原则,射杀了手无寸铁的平民,此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛,人生也彻底
阳光明媚的一天,东都体育场正进行一场东京Spirit和大阪钢巴的精彩足球比赛,江户川柯南(高山南配音)、灰原哀(林原惠美配音)、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边,事务所内的毛利小五郎(小山力也配音)却接到一通恐怖袭击的电话。经过一番努力,小兰(山崎和佳奈配音)终于摆脱新一解开了犯人留下的暗语,成功拯救了无数人的生命。在此之后,警方和毛利一方锁定了数名嫌疑人,并随之展开调查。与此同时,躲在暗处的犯人继续策划新一轮的袭击,前所未有的大挑战,争分夺秒的对决,裹挟着无数怨恨的袭击强势袭