就读初中二年级的鹿目圆,过着平凡幸福的生活。神秘转学生晓美焰的出现,开始让小圆的命运有了巨大转变。某日一只名为丘比的神秘生物,希望小圆能够与它签订魔法契约,成为“魔法少女”以对抗邪恶的魔女保护世界。正当小圆犹豫烦恼之时,好友沙耶香先一步成为“魔法少女”后,两人才发现原来签订契约后,需付出的代价远比想象中巨大甚至残酷,这一切真相都再次冲击小圆想成为“魔法少女”的想法……
与愿望的实现相反,不为人知的持续战斗的魔法少女们。但是环彩羽却忘记了自己的愿望。“当我成为魔法少女时,我许了什么愿望?”在日常生活中突然出现空洞。那些已经失去的重要的东西。毫无理由持续战斗的每天……。从那时起,有流言在魔法少女们之间纷传。“如果去神滨,魔法少女就会被拯救”神滨市是魔法少女和流言聚集的城市。为了寻求失去的愿望,环彩羽的故事开始了——