X档案关闭后，穆德（DavidDuchovny大卫•杜楚尼饰）和斯科莉（GillianAnderson吉莲•安德森饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。某日国会议员麦特森（RaymondJ.Barry饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。在波多黎各阿雷希伯，穆德偶遇一个当地人，并从他手里得到一幅外星人的画。但不久后此人便离奇死去。穆德最终能否找
美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼DavidDuchovny饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉莲·安德森GillianAnderson饰），表面上是协助穆德工作，实际上是希望这名崇尚科学的理性探员能够制约穆德的行为。两人最初的合作并不理想，完全不同的思维模式时刻导致争论的爆发。但随着各种离奇案件的出现以
到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。今年仍是一贯过去的风格，但加入了许多穆德、史卡利个别的个人生活。穆德的另一资料来源-X在今年死亡。另外一重大发展则是史卡利发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍了癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧，相信看过的朋友都知道。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命厌倦，而举枪自杀。
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间
在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。
沿续上一季的剧情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。
Jake对自己将进入初三而深感不安，Charlie和Alan跟他说了他们各自如梦魇般的初三生活，这让事情变得更糟。那些故事对Jake产生了很大的负面影响，以至于在上学的第一天他就从校车上下来，逃回家躲起来。最终，Charlie和Alan意识到他们告诉Jake的那些故事是他们自己的担忧，而却把这些担忧传递给Jake。他们俩决定教会Jake如何应对自己的恐惧，但是事情却没有像他们计划的那般。
莱西（布莱丝·达拉斯·霍华德BryceDallasHoward饰）生活在一个十分看重个人评分的世界之中，在这个世界里，你可以给你遇到的所有人打分，自身分数越高的人，给他人打分的权重就越高。每个人的分数决定了他们能够过上怎样的生活。库珀（瓦耶特·鲁塞尔WyattRussell饰）是一位喜欢游历世界的青年，某次，旅费吃紧的他参加了一项游戏测试的工作，没想到这份收入优渥的工作却给他的人生带来了毁灭性的打击。内向木讷的男孩肯尼（亚历克斯·劳瑟AlexLawther饰）发现自己的一举一动均被他人所监视着，为了守住秘
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